睡回笼觉的坏处有：睡回笼觉会打乱人生物钟节律。正常的人体的内分泌及各种脏器的活动，有一定的昼夜规律。这种生物规律调节着人本身的各种生理活动，使人在白天精力充沛，夜里睡眠安稳。如果平时生活较规律而到假期睡回笼觉，会扰乱体内生物钟节律，使内分泌激素出现异常。长时间如此，则会精神不振，情绪低落。如果本身睡觉时间比较长，还经常喜欢睡回笼觉的人容易头昏脑胀、记忆力下降。这是因为一夜休息后继续睡回笼觉会导致睡眠中枢长期处于亢奋状态，而其他神经中枢由于受到抑制时间太长，恢复活动的功能就会变得相对缓慢，因而会感到终日昏昏沉沉、无精打采，甚至记忆力下降。
睡回笼觉会影响胃肠道功能。一般早饭在7点钟左右，此时晚饭的食物已基本消化完，胃肠会因饥饿而引起收缩。爱睡回笼觉的人宁愿肚子饿也不愿早起吃早饭，时间长了，易发生慢性胃炎、溃疡病等，也容易发生消化不良。
老人早起锻炼的时间很早，不少人回家后喜欢再睡一个“回笼觉”。专家称，这样做既影响晨练效果，也不利于健康。晨练时，人们的呼吸加快，心跳加速，心肺功能得到加强，这有利于延缓冠心病、高血压及肺气肿、肺心病等疾病的发生。若晨练后再补睡一觉，对心肺功能恢复不利。此外，晨练后，大多数人都会出汗。若重新钻人被窝，因汗渍未尽，反而容易受凉感冒。老人过早地起床未必是很好的习惯。清晨是人体血液黏稠度较高的时期，血压也不稳定，心脑血管很容易发生意外。睡回笼觉会打乱作息规律，使大脑生物钟紊乱，会使老人“白天睡不好，晚上睡不着”医生建议：等到太阳升起一段时间，例如上午八九点时，晨雾已驱散，植物放出氧气，气温上升时，老人再出门锻炼为宜觉只会越“补”越累当下，“负债睡眠”让补觉成为一些上班族假期和双休日的主要休闲娱乐项目。他们认为，补觉能让自己恢复生龙活虎的精神状态，睡的时间越长，精力恢复得越好。双休日、长假恶补睡眠，结果会越“补”越累，越睡越没劲，甚至会影响上班时的精神。过度睡眠会打乱人体原有的生物钟，使新陈代谢紊乱，导致慢性失眠。闷睡数天还可能引发其他疾病，如情绪功能、循环功能紊乱等。高血压、高血糖、高血脂的“三高”患者，尤其不要蒙头大睡。
睡回笼觉的危害有很多，是一种不健康的睡眠方式。现在人的生活忙碌，节奏快，所以往往容易让人在休息之余产生惰性，不想起床，或者起床后又回去睡觉的现象。睡回笼觉的危害对健康的影响是比较大的，有的人吃完早餐或晨练回家后再睡回笼觉。机体在活动后新陈代谢和思维速度加快、肢体灵活性增强，若此时再睡回笼觉，肌肉因活动产生的乳酸等物质不易代谢，容易出现四肢无力、疲乏的感觉。尤其是晨练后迅速入睡，对人体心肺功能不利。睡回笼觉的危害还是不容小视的，这是一种打破人体正常作息规律的事情，建议由这中习惯的人们要改正过来，保持合理的睡眠时间。
