摩托车扣分会扣小车驾驶证。根据相关规定，驾驶人发生道路交通违法行为的，会被处罚同时除驾驶证的分，摩托车和小车都属于机动车驾驶证，若骑行摩托车的时候发生了道路交通违法行为则都会扣这本驾驶证的分。
现在都是两证合一制度，一本驾照不管是摩托车还是汽车违规都扣一本的分，也就是说摩托扣分就是扣得汽车驾照的分。_法律依据：《机动车驾驶证申领和使用规定》第六十五条，道路交通安全违法行为累积记分周期(即记分周期)为12个月，满分为12分，从机动车驾驶证初次领取之日起计算。
依据道路交通安全违法行为的严重程度，一次记分的分值为：12分、6分、3分、2分、1分五种。