在春秋时期医学家已将社会上的阴阳、五行哲学理论思想引进医学领域，并用以解释和论述人体的生理、解剖、病理和诊断治疗原则，至《内经》成书，该理论与医学之结合已达到入微的地步。人体体表、内脏，人与疾病，人与自然环境，人与气候季节，以及疾病认识，处治原则等，无不渗透着阴阳五行学说。例如人体体表为阳，体内为阴；心肝脾肺肾五脏为阴，胃、大肠、小肠、膀胱、胆、三焦六腑为阳。对于疾病则热为阳，寒为阴。对脏腑除了分辨其阴阳外，还要辨别五行之生克关系，肺属金，肝属木，肾属水，心属火，脾属土，在五行上金克木，木克土。那么在考虑脏腑关系时，也要注意到肺病有可能伤肝，肝病时有可能伤脾胃，在治疗上依据这一理论，医生就要在处方时尽早有所注意，要防止肝病引致脾胃不健等病症的出现。整体观念确是历代中医学家的一大治疗思想武器，它使医学家们克服了许多局限性、片面性。重视综合性分析疾病与人体体质不同的关系，与地域、气候不同的关系，与暑湿风寒等等自然界变异的关系，与季节不同的关系等等，正是这些观点使之比单纯注重分析入微的思想方法高出一筹。阴阳与五行相配合，阴阳五行与脏腑经络相配合，用以论述疾病与种种因素之间的复杂微妙的关系，采用各种治疗方法原则等等，确系中医学之所长，这是毋庸置疑的。但也必须指出：阴阳五行毕竟是一种古朴的哲学思想，必然有其不科学的方面，这是事实，因此必须运用辩证唯物主义思想给予检验和提高，这也同样是十分重要的。