前述三条河五个较好的引水方案有两种组合，形成了三条河调水的两种布局方案，一是达—贾联合自流线路，调水40亿立方米；仁—章自流线路，调水45亿立方米；同—雅—章自流线路，调水75亿立方米，共调水160亿立方米。二是达—贾联合自流线路，调水40亿立方米；阿—贾自流线路，调水50亿立方米；侧—雅—贾自流线路，调水80亿立方米，共调水170亿立方米。
布局方案二具有下移、集中的特点。
下移。布局方案一的通天河引水高程4100米左右，该地区自然条件恶劣，严重缺氧，每年野外工作时间仅4～6个月，勘察、规划、施工、运行和管理困难很大。布局方案二相对于布局方案一，引水枢纽和输水线路整体下移，海拔高程处于3500米左右，该区有森林、农田，适宜于人类活动，对施工、运行和管理都有利。下移后的通天河侧仿水库比方案一同加水库的径流量大，下泄水量也大，而且侧仿水库处于三江源保护区的边缘，对生态的影响相对较小。
集中。布局方案二在实施过程中可以互相联系，能由近及远、逐步实施，达—贾线先期实施后，后期实施的雅砻江、通天河输水线路相当一部分要从达—贾线近旁通过，引水工程高度集中，后期工程可充分利用第一期工程线路的地质资料和处理措施，节省后期工程大量的勘测、交通及施工等基础工程费用。
根据规划阶段的工作深度，拟推荐布局方案二。根据推荐的布局方案二，南水北调西线工程的总体布局如下：
大渡河、雅砻江支流达曲—贾曲联合自流线路，调水40亿立方米。自雅砻江支流达曲开始调水，建阿安引水枢纽引水7亿立方米，通过输水隧洞穿过分水岭到泥曲；建仁达引水枢纽引水8亿立方米，再通过输水隧洞穿过雅砻江与大渡河的分水岭到杜柯河；建上杜柯引水枢纽引水11．5亿立方米，再通过输水隧洞穿过分水岭到麻尔曲；建亚尔堂引水枢纽引水11．5亿立方米，再通过输水隧洞穿过分水岭到阿柯河；建克柯引水枢纽引水2亿立方米，再通过输水隧洞穿过大渡河与黄河的分水岭到黄河支流贾曲；在贾曲隧洞出口后，沿贾曲左岸开挖明渠，输水到黄河。
雅砻江阿达—贾曲自流线路，在雅砻江干流建阿达引水枢纽，调水50亿立方米。开凿隧洞通过雅砻江干流和支流达曲的分水岭，输水穿过达曲，此后输水线路和达—贾联合自流线路基本平行，走向一致，输水到黄河贾曲出流。
通天河侧仿—雅砻江—贾曲自流线路，在通天河干流建侧仿引水枢纽，调水80亿立方米。自侧仿水库引水，过歇武沟沿通天河及其以下的金沙江左岸开凿隧洞，到邓柯附近穿越金沙江与雅砻江分水岭到雅砻江浪多，顺河道而下进入雅砻江阿达水库，然后从阿达水库引水到黄河贾曲，自阿达引水枢纽以后的输水线路和阿—贾自流线路基本平行，输水到黄河贾曲出流。
三条河调水170亿立方米，基本上能够缓解黄河上中游地区2050年左右的缺水，但从发展战略考虑，要实现西北地区经济、环境的可持续发展，尚需扩大水源。因此，规划时还研究了从西南的澜沧江、怒江向黄河调水作为西线后续的远景水源工程。初步研究结果认为，从澜沧江、怒江可以自流调水到黄河，后续水源可调水量160亿～200亿立方米，后续线路均能与目前规划的三条河引水线路相衔接。后续水源调水拟从怒江东巴水库引水，串连澜沧江吉曲、扎曲、子曲，在玉树以上入通天河侧仿水库，与南水北调西线工程相衔接。 1．第一期工程的选定
从以上三条河调水工程总体布局初步比较来看，由于各输水线路的入黄出口均在黄河贾曲，出口段输水线路集中在从雅砻江和大渡河支流引水的达—贾联合自流线路附近，工程实施必然要由近及远，先支流后干流的步骤逐步实施，即先从靠近黄河的达—贾联合自流方案开始，逐步扩展到雅砻江干流和通天河引水，实现三条河调水170亿立方米。
本着由低海拔到高海拔、由小到大、由近及远、由易到难的规划思路，第一期工程选择达—贾联合自流方案。达—贾联合自流方案调水40亿立方米，需要建5座引水枢纽，引水线路长度260千米。
2．第二期工程选择
布局方案二中，雅砻江距黄河较近，调水条件优于通天河，因此选择雅砻江阿—贾自流方案为第二期工程。
第一、第二期工程的实施，可满足2030年左右黄河上中游6省、自治区增供水资源量的需求。
3．第三期工程选择
布局方案二中，选择通天河侧—雅—贾自流方案为第三期工程。第三期工程调水80亿立方米，输水线路长，投资高达1929亿元单方水投资24元，占南水北调西线工程总投资的63%。南水北调西线工程要全部实施，需要一个较长的时期，按现规划的工期排序，第三期工程的实施时间预计在30年以后，那时南水北调东、中线工程已经实施，西线工程的第一、第二期工程也已实施，南水北调“四横三纵”的总体格局已经形成，黄河水资源需要重新配置。再者，那时西北地区经济社会和生态环境需水也有变化，第三期工程的规模势必相应调整，工程方案尚可与抽水方案或其他方案进一步比较优选。由于目前规划的第一、第二、第三期工程具有相对的独立性，第一期工程先行实施，第二、三期工程输水线路在通过雅砻江和大渡河支流分水岭时，与第一期工程平行的线路部分都需另外开凿隧洞，与第一期工程互不干扰，故第一期工程的选定不影响第二期工程的调整变化，更不影响第三期工程进一步优选。 初步分析了调水对调水河流地区、调水工程区的自然生态和社会环境的不利影响。
社会环境方面，初步分析了调水对人群健康、三江源保护区、水库淹没等的影响。调水对调水河流梯级发电有一定的影响，但调水入黄河后增加了发电效益，从2030年水平看，损失和效益大体相当。调水对工农业用水、漂木、航运基本没有影响。
自然生态影响方面，初步分析了对局地气候、地下水位、下游水质、干旱河谷和生物等的影响。研究表明，尚未发现制约西线调水工程实施的重大因素。
第一期工程，从雅砻江支流调水15亿立方米，大渡河支流调水25亿立方米，调水量有限，对下游影响甚微。 从水量丰沛的长江上游，向干旱、半干旱的西北地区调水，具有显著的生态环境效益、社会效益和经济效益。2050年调水170亿立方米，在龙羊峡—兰州河段、兰州—河口镇河段、河口镇—龙门河段、龙门—三门峡河段，向两岸地区供水120亿立方米，向黄河干流补水30亿立方米，向流域外的黑河、石羊河等地补水20亿立方米。年净经济效益993亿元，调单方水经济效益6元。
2020年水平第一期工程调水40亿立方米，向兰州—河口镇河段的甘肃、宁夏、内蒙古、陕西北部地区供水20亿立方米其中生态环境用水7亿立方米，工业用水8亿立方米，生活用水5亿立方米，并向龙门—三门峡河段的关中地区和汾渭河地区供水10亿立方米，向黄河干流补水10亿立方米由于水土保持用水和支流用水，减少了入黄水量，此10亿立方米水为补充黄河河道生态环境用水。经济效益248亿元，扣除调水对调水河流的发电经济损失8亿元，净经济效益240亿元，调单方水经济效益6元。
