突然死亡莫扎特只活了35岁，他的逝世来得非常突然。1791年12月4日，几位朋友去看望卧病在床的莫扎特，把《安魂曲》已完成的部分唱给他听。那天晚上，他的病情突然恶化，他的私人医生克劳塞被请来诊治。医生在莫扎特头部盖上冷敷布。据目击者说，莫扎特开始发抖，5日凌晨1时许即告死亡。
克劳塞诊断莫扎特死于急性粟热疹。医学专家认为，急性粟热疹更确切地说是一种症状而不是一种疾病。莫扎特死后即被埋葬，但坟地上未作标记——这是符合当时维也纳平民殡葬习俗的。但恰恰是这个习俗，造成后人无法确定哪具是莫扎特的遗骸，致使检测成为不可能的事。
据史料记载，莫扎特死后仅一个月，就有人开始猜测他的死因。二百多年来，音乐学家、内科医生、医学研究人员众说纷纭，莫衷一是，据说揣测共有118种之多，几乎可形成一门新的学科——医学揣测学。有人把118种可能的死因归纳成中毒、感染、心脏病、肾病以及其他等五大类。中毒一说曾在19世纪初期闹得沸沸扬扬，所谓莫扎特友人投毒或是他因用药治梅毒而中毒等说法现已基本销声匿迹。一位瑞士医生经过缜密研究，在1966年提出莫扎特死于风湿热之说。目前比较占上风的说法出自美国西北大学医学院教授道森。他认为莫扎特死于尿毒症，因肾脏病引起毒物堆积在血液中最终致死。但是，莫扎特患肾病的原因依然是人们争论不休的话题。
死因新说
如今莫扎特死因之谜又添新解。据有关研究人员说，细菌感染导致肾衰竭或是莫扎特的真正死因。
莫扎特遗孀的新任丈夫曾经表示，白天酗酒夜晚编曲的生活习惯加速莫扎特的死亡。
美国医学专家简·赫希曼曾给出莫扎特死于旋毛虫感染的结论，依据是莫扎特当年写给妻子康斯坦茨的一封信。信中提到他喜欢吃一种烤猪排。赫希曼称这种猪排受到旋毛虫的污染，当时很多人因此患上旋毛虫病。从莫扎特的病历记录看，其特征与这种疾病完全符合。
然而不少病理学家认为赫希曼的研究结果不能令人信服，因为赫希曼支持结论的依据过于牵强。
荷兰研究人员对莫扎特死因给出新解释，他们的研究显示，莫扎特可能死于由细菌感染引起的肾衰竭。
荷兰科学家对比分析了18世纪90年代维也纳人死亡的历史材料和莫扎特的病历记录，结果发现，肺结核、营养不良造成显著消瘦及水肿是当时维也纳人的主要死因。
莫扎特死前身体严重水肿。他的亲戚索菲·海贝尔说，他全身肿得难以翻身。但在最后的日子里，莫扎特的神志依然清醒，在病榻上坚持创作《安魂曲》。
莫扎特生活的时期，由链球菌感染引起的肾衰竭在冬季比较普遍。研究人员说，这位音乐大师在死前数月就患上喉咙痛，导致细菌感染。莫扎特病重期间很可能起过丘疹，这是链球菌感染的典型症状。
根据推测，莫扎特从一名军队音乐家那里染上这种致命的“超级细菌”。这种流行病起源于军队医院。根据记录显示，超过500人在莫扎特去世前后数月死于水肿。奥地利当时正处于战争时期，人们生活条件恶劣，死亡者大部分是军人。
莫扎特后事比较凄惨。他被埋葬在穷人的公墓里，由于他妻子病重，下葬时没有一个亲人在旁。两个星期后，他的妻子再去墓地时，已找不到莫扎特葬在何处。莫扎特夫妇共育有6个孩子，只有两个儿子长大成人，但都终身未娶，没有子嗣。