这是一个典型的 anachronisme 问题，最初本来是个历史概念，即研究者与研究对象之间存在的时间距离对研究的影响，后来被引用到其他学科中。阿拉斯在《绘画史事》中就谈到了这一点，一般翻译为错时性 / 时代错误 / 不合时宜。具体到西斯廷教堂画包含了两种意义上的 anachronisme 。
一是礼拜堂本身的时间机制。教堂内作品的创作顺并不是圣经时间，是非线性的，而《最后的审判》重构了天顶画和 15 世纪的湿壁画中所表现的基督教历史的时间，同时这种重构对于观众的经验来说也是一种理论模式。
二是基督的祖先圈的意义和先知在场的意义。他们被米开朗基罗选中 ，慵懒麻木的出现在弦窗个拱肩上，但他们位于救赎的历史的边界，又以某种方式观看着当下。
米开朗基罗创作天顶画之前的西斯廷礼拜堂内景，其天顶是由 Pier Matteo d'Amelia 在 15 世纪 80 年代设计的。
这个问题会涉及到很多方面：比如基督教神学、释经学 ( 不同教派 / 时代对经文的理解 ) 、16 世纪宗教改革的影响——包括当时的人文主义、佛罗伦萨地区流行的新柏拉图主义对米开朗基罗的影响，这一点同达芬奇不同，达芬奇是个自然为尊的艺术家，虽然有宗教题材但没有信仰倾向、米开朗基罗本人的心理分析——有学者认为他患有阿斯伯格综合征，其家族成员也有类似现象，还有结合考古进行的艺术史图像学分析——在 1985 年大修之前，很多细节都看不到，之后才有服装和符号方面的考证——等方面。总之，它不是随便引两段文献就能说清楚的。
以上领域本人都不擅长，所以回答可能偏颇之处。
天顶画中有七位圣经记载的先知 [Prophets] 和五个非犹太女先知 [sibyls] ，除了旧约内容，还有一些次经的内容。
比较官方的解释是文艺复兴时代的人将人类的历史分成三个时期：
1、摩西律法之前的世界——从神创造万物到摩西颁布法律
2、摩西律法之下的世界——从摩西颁布法律到神差派耶稣来人间
3、恩典时代——耶稣降生之后
(2) 和 (3) 在礼拜堂建好时，教宗 Sixtus Ⅳ 就已经请画家画好了，到了教宗 JuliusⅡ时，独缺第一个时期，虽然开始教宗的意思是请米开朗基罗画新约中的十二使徒，但他还是选择了第一个时期。创世纪是人的堕落，摩西的耶稣的生平则说明了从旧约到新约的救恩历史，神如何救赎人类，而先知和祖先们都指向耶稣的到来和教会的成立。
但这里问题也有很多，为什么耶稣的祖先圈那么颓废，圣经中那么多先知为什么单选这几位，为什么选约拿、撒迦利亚？文艺复兴时期佛画家选择绘画的主题受赞助人影响，但首要目的肯定不是为了视觉效果，而是为了将圣经的内容通过图像传达给群众，影响观念。不然为什么没画创世纪里的该隐杀亚伯、巴别塔？也没画火烧索多玛？
这里先补充一些西斯廷教堂的历史。
早期的天主教指罗马天主教，以下指的并非现在改教后的基督教，所以都用天主教。八世纪成立「教皇国」 [Civitas Ecclesiae] ，罗马是教皇国的首都，后来因为法国势力的介入，从 1309 年到 1377 年首都被迁到法国南部亚威农 [Avignon] ，这对教廷而言是巨大的耻辱。在教会历史上常以旧约中，以色列人不听神的话而被惩罚，让他们被巴比伦帝国俘虏来比喻这段时期，因此这段时期常被称为「巴比伦被掳期」 [Babylonian captivity] 之后的教宗为了表示他们的正统性，会强调他是在罗马被选出来的教宗，而不是在亚威农。
Sixtus Ⅳ 是巴比伦被掳期之后的教宗，为了证明他的正统性，计划在罗马建西斯廷教堂，足以媲美所罗门的圣殿。虽然耶路撒冷的圣殿被毁了——因为不听神的话，但他却是神另立的一个正统。
当时佛罗伦萨不属于教廷，不受教宗的管辖，思想自由，经济发达，文艺复兴的中心，来给西斯廷装饰壁画的都是来自佛罗伦萨的画家。因为当地由美第奇家族控制，教宗自然不满，经过多年的明争暗斗，洛伦佐仍然是佛罗伦萨的统治者，教宗终于愿意与洛伦佐和好，当时西斯廷刚完工，洛伦佐主动派了思维佛罗伦萨有名的画家去为教宗话壁画。他们分别是：佩鲁吉诺 [Pietro Peregino] 、罗塞利 [Casimo Rosselli] 、吉兰达约 [Domenico Ghirlandaio] 、西纽雷利 [Luca Signorelli] ，还有一些学生，他们于 1481-1482 年画好了摩西一生和耶稣一生。也有人认为在壁画中可以看出对教宗 Sixtus Ⅳ的讽刺，但教宗没看出来。这一点有争议，此处按下不表。
米开朗基罗之前 Pier Matteo d'Amelia 的漫天星斗画的是旧约·创世纪 28:10-17 的内容：雅各离开家乡，夜里梦见一个梯子，有神的使者上去下来，神向他显现，保证神会看顾他，直到神的应许实现。满天星就是雅各梦见的天空，表示神对雅各的选择，同时也象征了屋顶下的教宗。《最后的审判》之前的祭坛画是玛利亚升天图， Sixtus Ⅳ 跪在玛利亚面前，表示他的权利是上天赋予的。
之后有又有三任教宗，没有添加。JuliusⅡdella Rover [尤利乌斯二世] 是 Sixtus Ⅳ 的侄儿，找米开朗基罗画天顶画，但整个过程让米开朗基罗饱受委屈，感觉很窝囊，很痛苦，可以说是他一生中最灰暗的时期。
合同上写的是：「我，米开朗基罗，雕塑家，由于将要进行西斯廷教堂顶部的绘画，收到了神圣的教皇尤利乌斯二世 500 枚达克特金币。」
米开朗基罗特意声明自己是雕刻家，但却要为教堂顶部画他完全不擅长的壁画。
根据圣经 · 创世纪 3:14 中记载，蛇在引诱夏娃吃了禁果后，被神诅咒从此要用肚子行走，终身吃土。问题是，蛇在受诅咒之前是如何行走的？米开朗基罗画种的蛇有手臂也由腿，在犹太经典 Midrash 中描述的蛇也是有臂有腿的。
另外在这个左右对称的构图中，蛇和天使的姿势和脸很像。吃禁果被驱逐是人的选择，虽然这一行为被认为是人的堕落，这其中潜在的意义是：人是有自由意志的。可以选择顺服神，也可以选择不顺服，而不听神的话下场总是惨烈的。