乳腺导管内乳头状瘤的鉴别诊断主要针对乳腺导管内乳头状癌和乳腺导管扩张综合征。两者相似之处在于都可能出现无痛性乳头血性溢液和乳晕部肿块，按压时能溢出液体。然而，鉴别点在于：
1. 乳腺导管内乳头状瘤的溢液可能为血性、浆液血性或浆液性，而乳头状癌多见血性溢液，且多为单侧单孔。乳头状瘤的肿块通常位于乳晕区，质地柔软，直径不超过1cm，腋窝淋巴结无肿大；相比之下，乳头状癌的肿块位置偏外，质地硬，表面不平滑，易与皮肤粘连，肿块较大且淋巴结可能肿大。
2. 乳腺导管造影是鉴别的重要手段。乳头状瘤表现为导管突然中断，断端光滑，近侧导管扩张，而乳头状癌则断端不整齐，扩张程度不均，导管形态异常。溢液细胞学检查对乳头状癌有确诊价值，病理诊断为准。
3. 与乳腺导管扩张综合征的鉴别中，后者常伴有乳头凹陷，溢液多为双侧多孔，性状多样；肿块较大，形状不规则，质地硬且可与皮肤粘连，可能伴有红肿疼痛和溃破。导管造影显示扩张不规则的为乳头状瘤，规则扩张则可能为导管扩张综合征。
最终的诊断依据病理检查，特别是石蜡切片，以避免冷冻切片的局限性带来的误诊。在必要时，可采用肿块针吸细胞学检查或活组织病理检查来帮助确诊。
乳腺导管内乳头状瘤是指发生于乳腺导管上皮的良性乳头状瘤。根据其病灶的多少及发生的部位，可将其分为单发性──大导管内乳头状瘤及多发性──中、小导管内乳头状瘤两种。前者源于输乳管的壶腹部内，多为单发，位于乳晕下区，恶变者较少见；后者源于乳腺的末梢导管，常为多发，位于乳腺的周边区，此类较易发生恶变。