基层党建工作存在的问题和不足：思想认识不到位、机制管理不到位、缺乏深入的调查研究、经费的制约。
1、思想认识不到位
一是部分党员干部理想信念动摇，甚至腐化堕落，丧失了党员干部在群众中的先锋模范作用，给开展思想政治工作造成了巨大的负面影响。二是部分党员干部不善于用新方法解决新问题，因循守旧，致使工作停滞不前。三是极个别干部千方百计在“权”上做文章，把权力当成谋取私利的工具。
2、机制管理不到位
一方面制度不健全，缺乏有针对性、可操作性强的基层组织制度，工作无章可循，随意性很大。有的虽有制度，但落实不好，形同虚设。另一方面管理机制不配套，上级党组织对不履行职责和存在这样那样问题的基层党组织成员多是进行批评教育，对那些经教育不改却又达不到党纪国法处理的束手无策。
3、缺乏深入的调查研究
基层党组织由于整天忙于事务性工作，往往容易忽视与队员面对面的交心谈心，在倾听基层队员意见方面还存在着不足。没有深入周到的调查研究就不能得出准确无误的结论，在分析基层党组织在社会管理及其创新工作中时可能就缺乏针对性和可操作性。
4、经费的制约
由于基层党支部的党务活动经费的不足，所以不能保证党建工作的经常性。党务经费的不足可能会制约党建工作的力度和效率，同时还会影响到基层党组织的社会管理及其创新工作。
创新基层党建工作的有效措施：
提高认识，创新党建工作的思想观念。一是要深刻认识到基层党建工作的重要作用，要树立发展为第一要务的观念，要明确以党建推动执法工作这个理念，抓好党建促成绩，
以作为求地位，以地位谋作为，把基层党建工作做到一线队员关心的热点上、难点上，形成党建工作与业务工作相互渗透、互相促进的局面，充分发挥好党建工作的保障和促进作用。
深刻认识新形势、新任务对基层党建工作的新要求。要克服“基层党建工作任务较软，内容较虚、中心、业务工作为主，党建工作为辅”的思想，要充分认识基层党建工作的重要性和党务干部的重要职责，树立“理直气壮抓党建、尽心尽职抓党建”的思想，不断增强基层党组织的亲合力与感召力，以党建工作实效去推动执法业务工作的顺利完成。