物流公司支付运费的会计分录：
物流公司自己支付的进货运费
借：库存商品等
贷：银行存款
预收运费，进行支付
借：预收账款-运费
贷：银行存款
支付运费对应进项税额能否抵扣的处理：
销售货物时，支付运费：如果销售的货物是免税增值税项目、简易计税方法计税等不能产生销项税额的，则支付的运费即使取得增值税专用发票，也不能抵扣进项税额；
购买货物时，支付运费：如果外购货物是用于免征增值税项目、集体福利或个人消费等不能产生销项税额的，则支付的运费即使取得增值税专用发票，也不能抵扣进项税额；
如果外购货物用于了增值税应税项目，取得普通发票，但是支付的运费取得增值税专用发票的，则可以凭票抵扣运费的进项税额；如果未取得增值税专用发票的，则不得抵扣运费的进项税额。