1、性质不同
人民公社，我国社会主义社会结构的、工农商学兵相结合的基层单位，同时又是社会主义组织的基层单位。我国人民公社运动是从一九五八年夏季开始的，很短时间内，全国农村就实现了公社化。人民公社是党的整风运动、社会主义建设总路线和一九五八年社会主义建设大跃进的产物。
合作社，劳动群众自愿联合起来进行合作生产、合作经营所建立的一种合作组织形式。
2、产生时间不同
农村人民公社，1958年6月底7月初，谭震林在郑州主持召开冀、鲁、豫、陕和北京市农业协作会议，他在会议的总结中，讲到了农业合作社的变革问题。
信阳的同志回去传达后，地委根据《红旗》杂志两篇文章透露的毛主席关于办大公社的指示和谭震林谈话的精神，进行了讨论和研究，认为合并后的大社，实际上已构成人民公社的雏形。
中国历史上第一个合作社产生于1918年，是由北大倡导合作思想的胡钧教授及其学生们共同组织创办的“北大消费公社”。1922年9月毛泽东在安源创办的“路矿工人消费合作社”是中国共产党领导下的第一个合作社。
3、作用不同
合作社能够使一盘散沙的个体小农按照符合国际通行原则的《合作经济组织法》组织起来，以合作经济法人而不再是单个的自然人形式出现在市场经济舞台上。合作社将在上述领域进行不间断地投资，以迅速增加社员农民的资产。
人民公社的作用就是起到政府督导作用。那时响应毛主席的“深挖洞、广积粮，不称霸”号召，一般人民公社都会有规模不一的防空洞以及简单的防御工事，以备战备之需。
参考资料来源：百度百科-农村人民公社
参考资料来源：百度百科-合作社
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