应用物理研究所是：从事民用非动力核技术科学研究的国立研究所，以光子科学、核科学技术及相关交叉学科研究为主，同时积极推进科研成果产业化。发展目标是：用15年左右时间，建设成世界级的光子科学研究中心和基于核科学技术的多学科综合性科学研究基地。
技术物理研究所：现在以红外物理与光电技术应用基础、开发为主要研究方向，
重点发展先进的空间遥感、小卫星、红外凝视成像、红外焦平面、光学薄膜、微型致冷、以及光电信息处理与网络等技术，设有相应的研究室及国家重点实验室 10个，为国家航天、航空、国防工程等领域，以及国民经济建设作出了重大贡献，是一所实力雄厚的高技术发展型研究所。
由此可知：在技术物理研究所的综合学科性比较强，且所学学科的实用性比较好，使用面比较广。实验设备也比较 齐全。 所以我觉得技术物理所比较好。
参考资料：技术物理研究所网站 中国科学院上海应用物理研究所