南京中医药大学共有三个校区，分别是仙林校区、汉中门校区和太子阁校区。
一、仙林校区
仙林校区作为南京中医药大学的主校区，位于南京市栖霞区仙林大道。该校区环境优美，现代化的建筑风格与周边的自然景观融为一体。这里是大多数学生日常学习和生活的主要场所，拥有完善的教学设施、实验室、图书馆以及体育设施。
二、汉中门校区
汉中门校区位于南京市鼓楼区汉中门附近。这一校区主要为继续教育及研究生教育服务，汇聚了不同学科领域的优秀师资和先进的研究设施。汉中门校区与主校区相互补充，共同构成了南京中医药大学的完整教育体系。
三、太子阁校区
太子阁校区位于南京市秦淮区，相对其他两个校区来说规模较小。这里主要用于某些特定学科的教学和研究工作，例如中医药文化的传承与创新等。虽然校区较小，但在中医药文化的研究与传播方面发挥着重要作用。
南京中医药大学的这三个校区共同承载着学校的教学、科研和传承中医文化的重任。各校区之间既有明确的职能划分，又相互协作，共同为培养优秀的中医药人才贡献力量。同时，学校还不断对校区资源进行整合和优化，以适应新时代中医药教育的发展需求。