在生物体的发育过程中，细胞程序性死亡是一种普遍存在的自然现象。它是生物体内部基因机制决定的一种有组织的、主动的自我消亡过程。当细胞遭遇内外环境因素的刺激时，会受到基因调控，启动一种类似于自我保护的程序，其中包括一系列分子机制的启动和基因的指令。这个过程的主要目的是从体内排除那些不再需要或即将进行特化的细胞，以维持机体的正常功能和结构。
当细胞经历程序性死亡时，其凋亡过程就像植物器官的自然脱落，保持着秩序和和谐。凋亡的细胞并不会引发炎症反应，也不会在组织中留下痕迹。死亡细胞的碎片会被周围的巨噬细胞或临近细胞迅速清除，不会对其他细胞的正常活动产生干扰，确保了组织的正常运作。
在细胞凋亡一词出现之前，胚胎学家已观察到动物发育过程中存在着细胞程序性死亡（programmed cell death，PCD）现象，近年来PCD和细胞凋亡常被作为同义词使用，但两者实质上是有差异的。首先，PCD是一个功能性概念，描述在一个多细胞生物体中，某些细胞的死亡是个体发育中一个预定的，并受到严格控制的正常组成部分，而凋亡是一个形态学概念，至于细胞坏死不同的受到基因控制的细胞死亡形式；其次，PCD的最终结果是细胞凋亡，但细胞凋亡并非都是程序化的。