苏州市中医医院内设科室众多，以满足不同患者的需求。临床一级科室共有十四个，包括内科、外科、肛肠科、急诊科、骨伤科、针灸科、妇科、儿科、推拿科、皮肤科、耳鼻喉科、眼科、口腔科、调养服务中心。
在临床二级科室方面，医院进一步细分，设有消化内科、肾内科、肿瘤科、心血管内科、内分泌科、呼吸科、风湿科、血液内科、神经内科等。此外，医院还设有中医整骨、创伤、脊柱、关节病、关节镜、泌尿科、男性科、脑外科、疮疡科、乳房病等专科。
门诊中，医院特设30个具有中医特色的专病专科，旨在为患者提供更为精准和个性化的医疗服务。除了临床科室外，医院还设有多个业务科室，如放射科、检验科、病理科、功能检、查科、药剂科、消毒供应室、手术室、麻醉科、营养室、图书馆、病案统计室、信息科、中医药研究所等，为患者提供全方位的医疗保障。
综上所述，苏州市中医医院内设科室众多，覆盖了从临床科室到业务科室的各个领域，旨在为患者提供全方位、高质量的医疗服务。无论是内科、外科等传统科室，还是中医特色专科，医院均能提供专业的医疗支持，满足不同患者的需求。
苏州市中医医院苏州市中医医院创建于1956年，是全国示范中医医院和三级甲等中医医院、南京中医药大学苏州附属医院、上海中医药大学联合培养研究生基地、国家药品临床研究基地单位。苏州市中医药研究所、苏州市中医学会、苏州中医药博物馆等设于院内。