桃树育苗时最普遍用的砧木是毛桃和山桃，也有用杏、李作砧木的，还有用毛樱桃和欧李作矮化砧木。
毛桃适应性广，适应温暖多雨的南方气候，是南方桃区的主要砧木树种，毛桃的耐旱、耐寒力、耐瘠薄力强，西北干旱地区也多用毛桃做砧木。它与桃嫁接亲和力好，接后植株生长旺盛，根系发达，如果繁殖当年出圃快苗，必须用毛桃做砧木。
山桃适应性强，耐旱、耐寒、耐盐碱，嫁接亲和力强，但其根系、树冠不及毛桃发达，怕涝，地下水位高的桃园易患黄叶病、根癌病和颈腐病。
毛樱桃，是近年来常用的矮化砧。它抗寒、抗旱、耐瘠薄，嫁接后亲和力好，矮化作用明显。但各地反映不尽相同，天津东郊农场毛樱桃砧木在盐碱地表现比毛桃好，而天津北郊韩家墅果园用毛樱桃做砧木嫁接的京红和黄桃品种，第四年开始有死树现象，陕西果树所报道也有同样的情况发生。浙江省园艺所研究推广毛樱桃中间砧，有效克服了其早衰、短命的缺点，因而选择毛樱桃做砧木应慎重。