自1989年开始，HCV与肝癌之间的关系开始得到重视。随着非HBV相关肝癌病例的增多，慢性非甲非乙型肝炎（NANB）的致癌作用已被证实。据信非甲非乙型肝炎患者中90%以上为HCV感染。
已有许多报道HCV感染是肝癌发生的一项主要危险因素。HCV所致的慢活肝能引起持续的肝细胞变性和坏死，为其致癌的机制之一，而这种致癌并非HCV直接转化肝细胞作用，而可能是在细胞生长和分化中起间接作用，如活化生长因子、激活癌基因或DNA结合蛋白的作用。抗HCV阳性的肝癌患者，其肝组织中多数能检出HCV序列，支持了HCV感染参与肝脏发生癌变机制的假说。