没有区别，主任医师也可以是教授。
主任医师
主任医师(Chief Physician)是医生职称的一种，当前是医生职称中的最高级别，属于正高级别。简称为"主任"。一般冠以姓氏，例如:李主任。医院中，需与"科主任"相区分。科主任，是指医院某科室的行政主任，并非指职称;而主任医师是职称名，其级别相当于医学院校的教授。部分主任医师，同时也被评为"教授"职称，承担一定的科研与教学任务。
医师职称
住院医师(助教) 主治医师(讲师) 副主任医师(副教授) 主任医师(教授)
具备第三条和下列条件者可晋升为主任医师、主任药师、主任技师、主任护师:
1.精通本科(本专业，下同)理论，掌握国内外本科技术发展情况，并能吸取最新科研成就应用于实际工作(中医药专业须精通中医药理论，对经典医著有所研究);
2.有丰富的临床或技术工作经验，能熟练地掌握本科技术操作，解决本科复杂疑难问题。能熟练地掌握一门以上外国语(中医、中药人员暂不作为必备条件)，并有较高水平的科学论文或著作;
3.善于指导本科全面业务，能为医疗、教学和科研培养出高级人才;
科主任，是指医院某科室的行政主任，并非指职称;而主任医师是职称名，其级别相当于医学院校的教授。
部分主任医师，同时也被评为"教授"职称，承担一定的科研与教学任务。
1.级别不同:住院医生是初级职称，主治医生是中级职称，副主任医师和主任医师是高级职称。
2.工作重点不同:住院部的住院医生和主治医生要具体负责病房和患者, 主任医师不负责具体病人,定期进行大查房.
3.责任不同:下级医师有疑问,可请示上级医师.重大手术多由职称高的主刀。
4.如果在门诊工作,都同样是看病开方,但一般只有高级职称才能是专家门诊,有技术特长的主治医生可以是专科门诊,初级职称只能出门诊。
教授
高等教育机构的教师的最高级学衔；古时设置在地方官学中的学官；对私塾老师的敬称；讲解传授知识、技能。教授为大学教师职称的最高级别。中文的教授两字则源于‘传教授业’的字义，是中国古代就已使用的学官名称，在中国汉代、唐代的大学中都设此职位。
解释1：是一种职业，多指在大学或社区学院中执教的资深教师与研究员。教授为大学教师职务的最高级别。
英文是Professor，中文的教授两字则源于‘传教授业’的字义，是中国古代就已使用的学官名称，在中国汉代、唐代的大学中都设有此职。与英文没有关联。日语中则与中文同用‘教授’一字来称呼大学中的老师。
解释2：教授原指传授知识、讲课授业，后成为学官名。汉唐以后各级学校均设教授，主管学校课试具体事务。