因为末代皇帝溥仪并不能算是真正意义上的皇帝,所以在故宫中并没有设立溥仪的灵位。如今在故宫中,只设有努尔哈赤、皇太极、顺治皇帝、康熙皇帝、雍正皇帝、乾隆皇帝、嘉庆皇帝、道光皇帝、咸丰皇帝、统治皇帝和光绪皇帝这十一位皇帝的灵位。
在清朝时期的十二位皇帝中,有三位皇帝是非常特殊的,他们就是努尔哈赤、皇太极和溥仪。努尔哈赤严格来说并不是清朝的皇帝,因为当时努尔哈赤只是后金的大汗,在清朝入关之前就离开人世了;但是因为清朝是建立在后金势力之上的王朝,所以努尔哈赤也被追封为清朝皇帝了;皇太极虽然建立了清朝,但是皇太极也在清朝入关前夕去世了,所以严格来说他也并不算是清朝皇帝,但是因为清朝最终还是入关了,所以皇太极依然成为了清朝皇帝。
而溥仪则是清朝时期的最后一位皇帝,而且是一位被废了的皇帝。当时慈溪太后见光绪皇帝不听话,于是便将光绪皇帝囚禁起来了,随后慈禧太后的心腹太监李莲英又举报光绪皇帝在日记中诅咒慈禧太后,慈禧太后担心日后光绪皇帝拿自己的尸身撒气,于是便在临终前毒死了光绪皇帝,并拥立了年仅三岁的溥仪继位,然而在溥仪继位没多久慈禧太后也就去世了。慈禧太后去世后,清朝也灭亡了。
清朝灭亡后,溥仪就算不得是清朝皇帝了。溥仪当时为了逃难先后去了天津和东北,在东北被日本人控制成为了伪满洲国的国君,实际上就是成为了日本人的傀儡。辛亥革命以后,中华民国建立,溥仪的皇帝称号也就是有名无实了,因此溥仪并不算是严格意义上的清朝皇帝,因此故宫中并没有溥仪的灵位。