房屋法院拍卖三次流拍的处理如下：经过三次拍卖仍不能成交时，人民法院可以将所拍卖的房屋按第三次拍卖的保留价折价抵偿给债权人；再行变卖时可以酌情降价，但每次降低的数额不得超过前次保留价的百分之二十；申请执行人不接受以物抵债的，法院应变卖房屋，仍不接受抵债的，法院可解除查封、冻结，将房屋退还被执行人。
《最高人民法院关于人民法院民事执行中拍卖、变卖财产的规定》第二十八条 对于第二次拍卖仍流拍的不动产或者其他财产权，人民法院可以依照本规定第十九条的规定将其作价交申请执行人或者其他执行债权人抵债。申请执行人或者其他执行债权人拒绝接受或者依法不能交付其抵债的，应当在六十日内进行第三次拍卖。第三次拍卖流拍且申请执行人或者其他执行债权人拒绝接受或者依法不能接受该不动产或者其他财产权抵债的，人民法院应当于第三次拍卖终结之日起七日内发出变卖公告。