农村合作医疗缴费后，一般在下一年会开始生效。
也就相当于第二年的保费，如果说是缴纳的话，那么第2年的住院都是可以报销，如果在没有担保的情况下，如果说这期间中断了一会儿，那么也是想要继续投保的话，也是每年的12月份缴费的，只是说在这样的情况下，那么生效时间就要推迟半年，要到每年的7月1号才能够生效，也就是说在1月份到6月份期间住院等产生的费用是不能够报销的。
新农合医保和城镇医保的区别如下：
1、人群不同。城镇居民医保主要是覆盖城镇户口的居民，新农合主要是覆盖农村户口的居民；
2、管理部门不同。城镇居民医保主要由人社部门管理，新农合多数地方由卫生部门管理；
3、购买方式不同。新农村合作医疗是农村户口的买，居民医疗保险是非农业户口的买；
4、报销比例不同。城镇居民医疗保险的报销比例是85%，根据不同等级的医院，新农合的报销比例在10%-80%不等；
5、报销药品不同。新农合可报销的药品目录比城镇医保要少，还有新农合在乡镇医院报销比例高，在市级医院平均报销比例比城镇医保低10%-20%，最高封底也比城镇医保少；
6、保障待遇侧重点不同。城镇居民医保主要保住院和门诊大病兼顾普通门诊，所以住院及门诊大病待遇都要高于新农合。另外新农合的门诊待遇水平总体要高于城镇居民医保。
法律依据：
《中华人民共和国社会保险法》
第二十四条国家建立和完善新型农村合作医疗制度。新型农村合作医疗的管理办法，由国务院规定。
第二十八条符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。
第二十九条参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。
第五十八条 用人单位应当自用工之日起三十日内为其职工向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。未办理社会保险登记的，由社会保险经办机构核定其应当缴纳的社会保险费。自愿参加社会保险的无雇工的个体工商户、未在用人单位参加社会保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员，应当向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。国家建立全国统一的个人社会保障号码。个人社会保障号码为公民身份号码。
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