凯瑟琳（1422－1424）
莱昂诺尔（1423－1425）
玛利亚（1428－1429）
都是阿拉贡的玛利亚所生，且都年幼夭折。
胡安王储（1478年6月28日－1497年10月4日），独子，娶神圣罗马帝国皇帝马克西米利安一世之女奥地利的玛格丽特，早逝，无子女。
佩德罗（1488-1490），夭折。
阿拉贡的伊莎贝拉（1470年10月1日－1498年8月23日），初嫁葡萄牙阿方索王储，阿方索去世后改嫁，成为葡萄牙国王曼努埃尔一世的王后，后难产而死，其子米格尔两岁时夭折。
胡安娜女王（1479年11月6日－1555年4月13日），卡斯蒂利亚女王，伊莎贝拉一世的继任者，嫁与马克西米利安一世之子，奥地利大公、勃艮第公爵、卡斯蒂利亚国王，出身哈布斯堡王朝的腓力一世（美男子）；有精神疾病，人称“疯女”，先后被父亲、丈夫和儿子控制，软禁在修道院，因而只是名义上的女王；生有两子四女，其中两个儿子分别为神圣罗马帝国皇帝查理五世（同时也是西班牙国王卡洛斯一世，奥地利大公查理一世，西西里国王卡洛二世，那不勒斯国王卡洛四世，尼德兰领主）和斐迪南一世（同时也是奥地利大公，匈牙利国王，波西米亚国王），女儿们分别为葡萄牙、法国、丹麦、匈牙利的王后。
阿拉贡的玛利亚（1482年6月29日－1517年3月7日）其姐伊莎贝拉去世后嫁给姐夫曼努埃尔一世，生有七子三女，其中包括日后的国王若昂三世和恩里克一世，以及神圣罗马帝国皇后葡萄牙的伊莎贝拉。
未命名的女儿（1482年6月29日），玛利亚的孪生姐妹，出生当天夭折。
阿拉贡的凯瑟琳（1485年12月15日－1536年1月7日），初与英格兰王国国王亨利七世之子，威尔士亲王亚瑟王子订婚，受封为威尔士王妃，婚后数月亚瑟去世，改嫁亚瑟之弟，比自己小六岁的新任王储亨利（后来的亨利八世），并因后者登基而成为英国王后，先后生育六个子女，但只有女儿玛丽·都铎存活，即日后的英国女王玛丽一世；最终因未能为丈夫生下儿子而被休弃、废黜，并遭到自己之前的侍女，新王后安妮·博林（伊丽莎白一世的生母）迫害，在孤单中去世。
胡安二世（1405年3月6日－1454年7月20日），卡斯蒂利亚国王，特拉斯塔马拉王朝第四位君主，先后立阿拉贡的玛丽亚（斐迪南一世之女）和葡萄牙的伊莎贝拉为王后。
母亲
葡萄牙的伊莎贝拉（1428-1496年8月15日），葡萄牙王国公主，若昂一世的孙女，卡斯蒂利亚王后。
兄长
恩里克四世（1425年1月5日－1474年12月11日），同父异母，阿拉贡的玛丽亚唯一存活的子女，卡斯蒂利亚国王，绰号“无能者”；娶阿拉贡国王胡安二世和纳瓦拉女王布兰卡一世的女儿布兰卡公主（后来的纳瓦拉王国女王布兰卡二世）为王储妃，但在登基前离异，后娶葡萄牙国王杜阿尔特一世之女胡安娜为王后，生有一女胡安娜，为葡萄牙国王阿方索五世的王后，但官方史料记载此女并非恩里克亲生。
弟弟
阿方索（1453年11月14日－1468年7月5日），同母弟。被兄嫂视为眼中钉，几次加害未遂，但还是在1465年迫于大贵族、大地主的压力将其立为王位继承人。1468年王位争夺战期间病逝，死因可能是鼠疫，年仅14岁。
丈夫
斐迪南二世（1452年3月10日－1516年1月23日），阿拉贡王国国王，卡斯蒂利亚王国国王（称斐迪南五世），那不勒斯王国国王（称斐迪南三世），西西里王国国王（称斐迪南二世），伊莎贝拉一世的共治君主，西班牙统一后的第一位国王；伊莎贝拉一世去世后娶比自己小36岁的埃唐普伯爵之女富瓦的杰曼妮为王后；1509年，斐迪南和杰曼妮的儿子胡安王子出生，并一度有可能继承大统，但不满周岁便夭折。
子女
阿拉贡的伊莎贝拉（1470年10月1日－1498年8月23日），初嫁葡萄牙阿方索王储，阿方索去世后改嫁，成为葡萄牙国王曼努埃尔一世的王后，后难产而死，其子米格尔两岁时夭折。
胡安王储（1478年6月28日－1497年10月4日），独子，娶神圣罗马帝国皇帝马克西米利安一世之女、奥地利的玛格丽特，早逝，无子女。
胡安娜女王（1479年11月6日－1555年4月13日），卡斯蒂利亚女王，伊莎贝拉一世的继任者，嫁与马克西米利安一世之子，奥地利大公、勃艮第公爵、卡斯蒂利亚国王，出身哈布斯堡王朝的腓力一世（美男子）；有精神疾病，人称“疯女”，先后被父亲、丈夫和儿子控制，软禁在修道院，因而只是名义上的女王；生有两子四女，其中两个儿子分别为神圣罗马帝国皇帝查理五世（同时也是西班牙国王卡洛斯一世，奥地利大公查理一世，西西里国王卡洛二世，那不勒斯国王卡洛四世，尼德兰领主）和斐迪南一世（同时也是奥地利大公，匈牙利国王，波西米亚国王），女儿们分别为葡萄牙、法国、丹麦、匈牙利的王后。
阿拉贡的玛丽亚（1482年6月29日－1517年3月7日）其姐伊莎贝拉去世后嫁给姐夫曼努埃尔一世，生有七子三女，其中包括日后的国王若昂三世和恩里克一世，以及神圣罗马帝国皇后葡萄牙的伊莎贝拉。
阿拉贡的凯瑟琳（1485年12月15日－1536年1月7日），初与英格兰王国国王亨利七世之子，威尔士亲王亚瑟王子订婚，受封为威尔士王妃，婚后数月亚瑟去世，改嫁亚瑟之弟，比自己小六岁的新任王储亨利（后来的亨利八世），并因后者登基而成为英国王后，先后生育六个子女，但只有女儿玛丽·都铎存活，即日后的英国女王玛丽一世；最终因未能为丈夫生下儿子而被休弃、废黜，并遭到自己之前的侍从女官，新王后安妮·博林（伊丽莎白一世的生母）迫害，在孤单中去世。
佩德罗（1488-1490），夭折。
未命名的女儿（1482年6月29日），玛丽亚的孪生姐妹，出生当天夭折。