宋庆历八年（1048年），福清县建10乡辖50里，后并为7乡36里，平潭编为海上里、海下里，属福清县太平乡。
元代行政区划与宋代相同。
明初，福清分东、西、南、北4隅。正统七年（1442年）南隅分为南上隅、南下隅。成化十八年（1482年）北隅分北一隅、北二隅。嘉靖十一年（1532年）仍为6隅，统36里、15都、112图。平潭境域分属南上隅、北一隅、北二隅、西隅。
清雍正八年（1730年），福清县丞移设于平潭，以候均区、大墩区、坑北区、朴秀区、酒店区、斗门区、庄上区、敖网区、南澳区、芬尾区、北海区、高平区及9个岛屿（东庠、小庠、大练、小练、屿头、塘屿、草屿、吉钓、牛山）析归平潭县丞管辖。
民国元年（1912年）10月至民国14年沿袭清制，划为21区。
民国23年（1934年）3月1日设立区公所，整编保甲，委派保甲长。民国25年（1936年）5月，平潭县分区设署，共设3个区署，辖区范围大体与民国15年（1926年）各区公所所辖范围一致。一区区署设后旺久；二区区署设东昆，民国27年（1938年）迁往西院；三区区署设苏澳。
民国26年（1937年）1月实行政教合一，平潭县3区设24个联保办公处。一区辖潭城、东澳、北苑（流水）、富田（大富）、东庠、大中、君山、东霞、正旺等9个联保；二区辖湖南、北厝、西海、芬尾、仙霞、敖东、塘草等7个联保；三区辖龙泉、玉堂、党堑、沙峰、玉库、苏澳、屿头、双练等8个联保。
民国28年（1939年）9月，国民政府颁发《县各级组织纲要》，整编保甲，撤销联保，平潭县设立15个乡镇分所。
民国31年（1942年）8月，平潭撤销区署，改15乡镇为2镇10乡：潭城镇、苏澳镇、爱群乡、同仁乡、塘草乡、屿头乡、中正乡、中山乡、龙泉乡、潭南乡、复兴乡、潭东乡。将原设15乡（镇）时的平沙乡、中正乡、东庠乡合并成立中正乡；三民乡、新民乡合并成立苏澳镇。
民国32年（1943年）10月平潭县改设2镇、5乡、89保，撤销潭东乡、屿头乡、爱群乡、同仁乡、塘草乡，分别并入潭城镇、苏澳镇、龙泉乡、复兴乡、潭南乡。
民国33年（1944年）7月，平潭县改设潭城、苏澳、潭东、潭南、复兴、龙泉、爱群、中山、中正、东庠、屿头、塘草12乡、91保。民国36年增至92保。
民国38年（1949年）5月6日，平潭人民游击支队攻克平潭县城，13日，经中国共产党闽中工作委员会批准，成立平潭县人民政府，下划潭南区、龙泉乡、君山乡、流水乡、屿头乡、大练乡、苏澳乡、潭城镇、东庠乡、潭东乡10个区乡政府。7月2日，游击队撤离平潭后，国民政府又沿袭旧制划分2镇、5乡、92保。
民国38年（1949年）9月16日，平潭解放。9月23日成立县人民政府。民国38年9月至1950年2月平潭设1镇3区，潭城镇，驻地城关；一区区公所驻地后旺久，管辖范围相当今之芦洋、中楼、流水、东庠、岚城、澳前等乡镇；二区区公所驻地北厝，管辖范围相当今之北厝、敖东、南海等乡镇；三区区公所驻地苏澳，管辖范围相当今之屿头、大练、苏澳、白青、平原等乡镇。
1950年2月至1951年5月设4个区公所，一、二、三区区公所驻地不变，由一区划出1镇6乡成立四区，区公所设潭城镇。
1951年5月设5个区。1952年6月至1956年3月，平潭县设7区，一区辖8乡63村，二区辖6乡74村，三区辖10乡92村，四区辖1镇6乡90村，五区辖6乡44村，六区辖8乡56村，七区辖6乡54村，平潭县共1镇50乡473村。
1956年3月，区乡合并，重新划分为中楼、苏澳、北厝3个区和潭城镇，中楼区辖11个乡，苏澳区辖8个乡，北厝区辖10个乡，潭城镇辖2个乡。
1958年4月，撤区并乡，平潭县重新划分为1镇15乡，分别为潭城镇、湖西乡、敖东乡、芬尾乡、塘屿乡、草屿乡、潭东乡、苏澳乡、国彩乡、平原乡、屿头乡、大练乡、中楼乡、君山乡、流水乡、东庠乡。
1958年8月建立平潭县人民公社，设潭城、平原、流水、敖东4个分社，下辖46个大队。1961年7月人民公社体制变动，平潭县划分屿头、大练、苏澳、平原、中楼、东庠、流水、潭城、潭东、北厝、敖东、南海12个人民公社，辖120个生产大队。1981年11月，从平原公社析出，设白青公社。
1980年4月，潭城人民公社分为城关镇和岚城人民公社，1982年9月改称潭城镇人民政府。
1984年9月撤销公社建制，成立乡镇人民政府，潭东公社改为潭东乡，芦洋农场改为芦洋乡，保留农场单位建制。同年10月苏澳乡改设苏澳镇，12月潭东乡更名澳前镇。
1992年7月22日福建省民政厅批准，撤销北厝乡，设立北厝镇，原管辖区范围不变。1994年12月27日福建省民政厅批准，撤销流水乡，设立流水镇，原管辖区范围不变。
1995年底平潭县设5镇、10乡、194个村民委员会（其中居民委员会6个）、555个自然村（居民区）。 “平潭综合实验区”和“平潭县”的概念有所区别。平潭综合实验区党工委、管委会是中共福建省委、福建省人民政府的派出机构，级别为正厅级，代表省委、省政府管辖平潭综合实验区，而平潭综合实验区与平潭县行政区域重合，因此福建省平潭综合实验区管理委员会是当前平潭县行政区域内的最高行政管理机构。平潭县人民政府为福建省平潭综合实验区的下辖机构。平潭县归平潭综合实验区管辖，不归福州市管辖，平潭综合实验区在福建省实行计划单列。平潭县行政区划仍属于福州市行政区划范围，其诸多统计数据仍然纳入福州市计算。
截至2012年，平潭综合实验区辖平潭县，平潭县辖7镇8乡：潭城镇、苏澳镇、流水镇、澳前镇、北厝镇、平原镇、敖东镇、白青乡、屿头乡、大练乡、芦洋乡、中楼乡、东庠乡、岚城乡、南海乡。居委会、行政村共计200个。县政府驻潭城镇新区。 平潭行政区划名称 面积（平方千米） 下辖县 潭城镇 18 辖8个社区、4个行政村，87个街庄、56个村民小组：辕门居委会、右营居委会、瑞龙居委会、城东居委会、红山居委会、宝湖居委会、中埔居委会、桂山居委会、城北村、城南村、城中村、北门村。 苏澳镇 17.3 辖18个行政村，49个自然村：苏澳村、钟门村、龙头村、红旗村、下苏澳村、斗魁村、梧峰村、和平村、友谊村、五一村、斗门村、紫霞村、齐富村、南海村、民主村、看澳村、先进村、西楼村。 流水镇 陆域47；海域1500 辖26个行政村，71个自然村：流水村、户楼村、砂美村、磹水村、君山村、渔屿村、北港村、山门村、坑北村、谢厝村、五埕村、模镜村、松厝村、南松村、新湖村、大埕村、大澳村、西楼村、山边村、裕藩村、东美村、下厝场村、五星村、港东村、松南村、后田村。 澳前镇 28.3 辖21个行政村：澳前村、东澳村、岭前村、龙山村、官姜村、龙北村、玉道村、玉楼村、井边村、光 楼村、光裕村、紫兰村、上井村、龙南村、磹角底村、前进村、东星村、中甲村、磹报村、东光村、南赖村。 北厝镇 58.5 辖19个行政村，74个自然村：湖西村、北洋村、厝祥村、澳尾村、务里村、跨海村、先建村、红山村、红湖村、北厝村、庄上村、娘宫村、芦山村、山利村、天山村、大厝基村、美楼村、湖南村、吉钓村。 平原镇 23.68 辖14个行政村：平原村、剑湖村、榕山村、上攀村、红卫村、凤美村、山显美村、梧凤村、燎原村、江楼村、梧凤楼村、当盛村、半山村、瓦窖村。 敖东镇 23.7 辖15个行政村，45个自然村：新垅村、敖网村、向阳村、龙海村、建民村、仙霞村、苍海村、东坑村、华东村、建星村、桥锦头村、渔庄村、青观顶村、钱便沃村、大福村。 白青乡 6.7 辖10个行政村：青峰村、白胜村、白沙村、丰田村、岱峰村、玉堂村、招康村、国彩村、南盘村、东占村。 屿头乡 12.5 辖10个行政村，16个自然村：东珠村、乐屿村、屿北村、后党村、东贵村、东京村、田下村、玉瑶村、旺滨村、屿南村。 大练乡 13 辖9个行政村，22个自然村：立新村、西礁村、秀礁村、东礁村、渔限村、月举村、舍仁宫村、瑞洋村、围东村。 芦洋乡 31.81 辖7个行政村：洋中村、芦北村、黄土墩村、马腿村、西边寮村、鹿楼村、大渊村。 中楼乡 19.45 辖11个行政村，2个直属村民小组：中楼村、冠山村、湖山村、昆湖村、大坪村、凤楼村、南楼村、大中村、韩厝村、盐田村、芦南村。 东庠乡 4.46 辖8个行政村：澳底村、东风村、澳星村、东进村、鲎北村、东霞村、湖边村、南江村。 岚城乡 34.2 辖13个行政村，46个自然村：正旺村、上楼村、新桥村、霞屿村、白山村、流东村、东屿村、新门村、上洋村、下洋村、矾屿村、中湖村、中南村。 南海乡 10.2 辖7个行政村：陈厝村、莲澳村、西门村、江尾村、后坑村、北楼村、南中村。
