在我们谈到高等教育发展的现状和成绩的同时，我们还应该看到，在高等教育改革发展中也存在着许多问题。主要有这么几个方面：
（一）我们虽然取得了成绩，但是，现在形势的发展，特别是全面建设小康社会以及建设和谐社会对高等教育提出了新的更高的要求，面对这些更高的要求，我们还不适应。
（二）高等教育经费严重不足的问题困扰着我们。去年我国高等教育的经费总额大概是1800多个亿，现在对相当多的地方院校来说，主要经费来源已经不是国家的财政性投入，而是收费。有的学校甚至收费占到了总经费的百分之七八十，而我们的收费在学校看来还是比较低的，但是，社会上对收费问题已经提出了比较强烈的疑义。在这种情况下，我们不可能再进一步大幅提高收费。现在许多学校已经陷入了经费严重不足的困境，据了解，教育部的学校在经费问题上情况还是比较好的，但是教育部所管理的学校去年年底贷款余额已经超过了200亿，其中个别怪物般庞大的大学贷款余额超过了30亿，每年光还利息就要将近两个亿，这个数字相当于国家每年给它的拨款。在我国高等教育规模最大的江苏省，它的财政状况还是比较好的，但是江苏全省的高校贷款余额也超过了100个亿，这个问题非常突出，致使我们有些大学大楼盖起来了，但是内部的教学仪器空空荡荡，不能够满足需要。刚才参观外事学院，我看到设备还是非常?好的。?
（三）教师的数量和质量不能满足高等教育发展的需要。从1998年到2004年我们的本专科学生数从340.7万增长到了1333.5万，同期我们普通高等学校的教师仅由40.7万人增长到85.84万人。显然，扩招后我们的生师比一下就由以前的过低变成了生师比过高，生师比过高必然会影响到教育的质量。在一段时间内，有的学校甚至出现了200人的外语课堂，外语课一般公认以16到17人为佳，三四十人在一个课堂里就已经很凑合了，200人怎么有开口的机会呢，没有开口的机会就谈不上外语教学的质量。 另一方面，在师资的提高上也存在着问题。历来我们高等教育教师教育工作就是一个薄弱环节，我们过去培养新教师主要是通过师傅带徒弟的方式来进行，一个学生毕业留校当老师，先给老教师当助教，帮着批改作业，听老教师怎样讲课，然后在老教师的指导下去备课，再然后才是独立去讲课，而且还需要老教师在旁边听。这样一点一点地逐渐由上比较少的课到上比较多的课。但是，现在我发现，相当一些学校今天还是学生，明天就成为了教师，最多进行半周到一周的校纪校规等基本要求的培训就变成了教师，这样的教师他怎么能够教好学生。我们知道教师数从40.7万增长到85.84万人，增加了40多万，但在这个过程中又有着10万左右的老教师退出了现职，这就意味着我国目前50多万高校教师是教龄不足五六年的教师。在教育界有这么一条公认的惯例：没有五到十年的时间，是培养不出一个合格教师的。这样的话，实事求是地讲，相当一部分教师是不够合格的。 同时，我们教师的在岗提高大多是通过一边教学，一边进行科学研究总结自己的经验而进行的。在这种生师比很高的情况下，教师难以抽出时间来思考教学问题，进行教育问题研究，这样使得教师今后的发展又遇到了障碍，这个问题相当突出。如果不能够使这些不合格的教师变为合格的教师将会毁掉我们的高等教育。
（四）我们的教育由精英教育到大众化教育的变化是在跑步进程中实现的，而我们并没有做好准备。高等教育大众化的问题不仅仅是一个数量简单的变化问题，而是一定性质上的变化。主要特点就在于它的类型和模式的多样化，现在的学校种类五花八门，有研究型的、研究教学型的、教学研究型的、教学型的以及高专高职等各种各样的类型。对民办本科院校来说，现在我们经常会说培养应用型的本科高技能人才，但是现在只是这些名词提出来了，到底什么是应用型本科人才，恐怕到现在为止，真正能讲清楚的人并不多。同时我们适用于本科生的教材并没有准备好，培养模式也没有确定下来，这是一个巨大的问题。
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