首先要指名一点：天皇与将军之间的争斗，一直没有停息过，一直到江户幕府建立后，天皇才被彻底架空
在此之前，日本天皇虽然属于空架子，但并非没有权威，而各地大名时常需要借助天皇名义来使自己的行动合法化
在源平争霸时期，当时的天皇和上皇倾向于支持平氏，随着源氏初战失利，源赖朝被迫流亡，当时的平家不但代表了武士集团，也代表了朝臣，但随后的争霸中，平清盛病逝，局面急转直下，最终源赖朝夺取政权。皇室与武家第一次冲突以皇室支持的平家失利告终。
公元1199年，源赖朝坠马而死，时任天皇与三位上皇趁源赖朝死，新任将军年幼之际，开始大肆联络各地不服源氏幕府的朝臣，大名和武士，并集结于京都，对源氏幕府构成巨大威胁。但幕府在北条义时的协助下，集结十九万大军攻入京都，皇室军队不敌败走，三位上皇被流放，大批朝臣被杀，原属于皇室的大片领地被剥夺。皇室第一次与幕府正面冲突以皇室失利而告终。
公元1333年，出身源氏的足利尊氏在后醍醐天皇的授意下，率军攻入镰仓，击破幕府执权北条氏，镰仓幕府灭亡。之后，尊氏希望继承征夷大将军之职，但后醍醐意图恢复皇室权力，拒绝这一要求，反而开始限制足利尊氏的权力，这使得双方裂痕加深。1335年，随着北条氏在镰仓爆发动乱，尊氏趁机领兵攻入并占据武家根据地镰仓，拒绝回归京都。并于次年率军攻入京都，拥立光明天皇，并获封征夷大将军，建立幕府，而后醍醐则逃亡吉野山，建立南朝。这是皇室第二次对武家动手，结果是导致日本分裂，形成短暂的南北朝。
随着足利义满继位后，对南朝的军事政治压力越来越大，最终，南朝交出政权，幕府完成统一。自此，皇室第二次对幕府的行动也以失败而告终。
所以说：首先，皇室并不会甘心属于自己的权力被幕府夺走，因此才多次趁幕府动乱时动手。
其次，日本的政治制度类似于欧洲庄园制，各地大名主都拥有自己的军队和势力，无论是天皇还是幕府将军，不过是大名们名义上的共主而非绝对的统治者，与天朝普天之下莫非王土完全不同。因此，大名的支持对于双方都非常重要。
再次，就是大名们的出身几乎都是武士，即便出现过一些公卿大名，但在不断地土地兼并中，土著武士击败了公卿，因此，土地大部分掌握在武士手里。当时的日本，将军代表武士集团，皇室则代表公卿集团，两个不同的利益团体，注定了大名会支持将军。而将军拥有更多的土地经济和军队，自然压倒了皇室。
最后，就是皇室的几次动作，皆以皇室失败而告终。伴随着失败，幕府自然要防备皇室再起。
源氏幕府建立后，皇室权力大幅收到限制，同时部分土地被分给支持幕府的武士
北条义时攻入京都后，流放三位上皇，架空天皇，杀掉大批反对幕府的公卿，同时没收了原属于皇室和公卿的大片领地，由于战败，皇室敢怒而不敢言，自此，皇室用于对抗幕府的领地已经荡然无存
足利尊氏攻入京都后，驱逐后醍醐天皇，而新上任的光明天皇实际上就是幕府傀儡，而随和足利义满统一南北朝后，南朝天皇失去权威。到室町幕府末期（足利义辉时），皇室有多少领地？月长石看过一些资料，当时的整个皇室年供是十四万到十五万石左右，而且由于连年战乱，这些收入还不能按时上缴。而整个朝廷收入大概是五十万石左右。
而当时，仅仅是东海岛三国之主的今川义元，拥有多少领地？答案：六十五万石。
一个大名拥有的财力，远远超过整个朝廷，这样的朝廷，已经完全不具备与幕府对抗的可能。
直到德川幕府建立后，开始对天皇那些虚权动手，连“卖官”的权力也给剥夺了，天皇唯一的权力就是制定年号，彻底成为了全国的最高神官......
第二：将军和天皇为何能千年共存？
首先，要看天皇的身份：天皇不仅仅是全日本的最高领袖，而且其身份不得了--太阳神之子！这意味着，天皇是神之子，是受命于天的。对天皇动手，不但是挑战政权，还是挑战神权。扳倒天皇和架空天皇，看似差不多，但其中的阻力却天差地别：架空天皇，其实不难，只要掌握了土地和军队，天皇就翻不起风浪；但扳倒天皇，不仅仅是在政权上，还必须在思想上彻底颠覆传统。
因此，得到差不多的结果，但阻力却天差地别，这种情况下，幕府自然是要考虑成本。
其次，天皇在位，那么天下的眼光依然会盯着最高权力，而幕府虽然是实权机构，但不是天下之主，一个实权机构，一个虚权高位，类似于中国汉初时代虚君实相（当然差距大了些），保留天皇虚位，对于将军来说，好处是有的：无论发生什么，幕府可以以天皇名义下令，这样，幕府的行动，不但得到政权授意，还能得到神权的许可，集神权与君权于一体，办事更方便。
而对于将军的好处，皇室同样也获益：由于没有实权，皇室不会成为大名的目标。而且皇室既然被神话，索性就处于一个超然的地位，当自己是“神”，“神”是不干涉人间事物的，而幕府虽然架空天皇，但还得供养皇室，天皇这张牌，需要用，但也需要养。
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