在此之后，历代王朝都对台湾十分关注，唐朝和两宋时期，大陆与台湾的交流更加广泛，大陆商人曾频繁到台湾谋生。到了元朝至元年间，即公元1264年至1294年，元世祖忽必烈设置澎湖巡检司，管辖澎湖与台湾，这是中国政府最早在台湾正式设立的行政管理机构，从此台湾正式纳入祖国的行政序列。应该说，正是东吴大帝孙权的远见卓识和隋炀帝杨广的前赴后继，才为后来的这一切打下了牢固的基础。
中国历史上最彻底地解决台湾问题，实现国家统一的古代帝王是清朝的康熙皇帝。 公元1624年，荷兰殖民主义者侵略中国东南沿海，占领了台湾。38年后，也就是康熙元年，即公元1662年，郑成功从荷兰殖民主义者手中收复了台湾。不久，郑成功去世，其子郑经继位。之后，台湾郑氏集团内部矛盾重重，郑经与其叔父郑世袭为争夺权力发生火并，政治上越来越走下坡路。而清朝由于当时国内棘手问题很多，对台湾不能以武力征服，也主要采取“招抚”政策。这样，使得郑氏集团暂时有了一个喘息时机，得以在台湾维持20年时间的割据统治。 随着收复台湾，国家统一的呼声高涨，康熙皇帝决定加快解决台湾问题的步伐。但清廷内部在是否武力统一台湾问题上颇有分歧。朝廷一部分大臣认为，天下初定，“凡事不宜开端，当以清静为主”，主张缓征台湾。福建地方的水师提督万正色也上奏认为“台湾断不可取”。福建海防长官宁海将军喇哈达等也持反对态度。许多朝中大臣“咸谓海洋险远，风涛莫测，长驱制胜，难计万全”，力主放弃武力征讨。然而，内阁大学士李光地、福建总督姚启圣、福建巡抚吴兴祚等人则力主举兵攻取台湾。康熙皇帝在经过一段犹豫之后，最后下决心攻取台湾，以“底定海疆”，实现其一统海内的宏图。 康熙二十年，即公元1681年六月，康熙皇帝发布诏令：“郑锦(经)既伏冥诛，贼中必乖离扰乱，宜乘机规定澎湖、台湾。”并令总督姚启圣、巡抚吴兴祚、提督诺迈、万正色等，与将军喇哈达、侍郎吴努春“同心合志，将绿旗舟师分领前进，务期剿抚并用，底定海疆，毋误事机。”他还决定起用施琅为福建水师提督，作为攻台主帅，“委以独任专征”大权，到福建统领军队进取台湾。他下诏书宣布：“今诸路逆贼俱已歼除，应以现在舟师破灭海贼。原任右都督施琅系海上投诚，且曾任福建水师提督，熟悉彼处地形、海寇情形，可仍以右都督充福建水师提督总兵官，加太子少保，前往福建。到日即与将军、总督、巡抚、提督商酌，克期统领舟师进取澎湖、台湾。”
施琅降清后，曾一度出任福建水师提督，率领福建水师自福州的东山渡海攻台，至清水洋后因遇风折回。所以，他对台湾海峡一带海上形势、地理环境、天文风候十分熟悉，这就为清军取胜创造了有利条件。施琅到达福建后，迅速组织起一支由原郑氏降兵及福建新练水师为主的水军，这支军队既熟悉海情，又有多年海上作战经验，同时又配备有精良大炮的高大坚固、行驶迅捷的战船，只待选择战机，准备渡海作战。郑军当时派出能攻善守的大将刘国轩率精兵2万余名，大小船舰200 余艘，并“缘岸筑短墙，置腰铳环20余里的壁垒”，固守澎湖。康熙二十二年，即公元1683年六月十四日，施琅率领战船300余艘，水师2万余人，自东山出洋。清军利用“风利舟快，瞬息飞驶，居上风上流之势，压攻挤击”，一鼓作气，经过七八个小时激战，大败郑军。刘国轩率所剩几只小舟逃回台湾、
澎湖为台湾门户，一旦失守，台湾便失去了屏障。此时，郑军只得上表求降，八月初，清军胜利进驻台湾。由于郑氏集团政治腐败，所以清廷统一台湾得到台湾各族人民的支持和拥护。清军进驻台湾时，“百姓壶浆相继于路，海兵皆预制清朝旗号以迎王师”。由此可见，台湾人民是迫切希望国家统一的。随后，康熙皇帝决定在台湾设台湾府，下辖台湾、诸罗、凤山三县，隶属福建省。台湾、厦门合派一道官员管辖。并派兵8千人驻防，设总兵一员，副将二员，澎湖也派副将一员统兵2千人驻防。这样，台湾重新统一于大清王朝中央政府的管辖之下。 统一台湾，使台湾重新回到祖国统一的多民族大家庭中，这不仅对国家统一具有重要意义，而且对台湾的经济、文化的进一步发展也具有重要意义。后来事实证明，台湾经济、文化的进一步振兴，正是在台湾重新统一于清朝中央政权管辖之后。
众所周知，台湾自古以来是中国领土不可分割的一部分。远在新石器时代，中国大陆东南地区的印纹陶文化就已经传播至台湾。春秋时期，战国时期成书的《尚书•禹贡》中，就有关于台湾的记载，当时将台湾称为“岛夷”。到了两汉时期，大陆汉族人称台湾为“东鯷”，而三国时代称之为“夷州”。当时，大陆经常有航海、求仙者到达台湾。但是，中国历史上第一次真正决策派军队驻守和经略台湾的，当是三国东吴大帝孙权。孙权，字仲谋，三国时期东吴的开国皇帝。公元200年，他十八岁时继承了兄长孙策的基业，成为东吴之主。孙权不是坐守江东一隅之地、安于先辈功业的平庸之君，而是一位目光长远，胸怀大志，很有才干的君主。在他的治理下，吴国的国势逐渐强盛起来，统治区域不断扩大，生产也有了明显的发展。除了在军事、政治、经济等方面都取得了较大的成就以外，他更是大规模航海的倡导者，拥有三国中最强大的水军，很注重经略海洋，曾派使者到达过海南、南洋群岛，开创了与南海诸国正式的经济、文化往来，并在开辟江南和发展航海方面，立下了不朽的功勋。 东吴国地处长江中下游，以水军立国，拥有战船五千艘，其中大型战舰高达五层，可载兵三千人，这在当时全国乃至全世界都是一支颇具规模的海军力量。地理形势加之个人的志向，决定了孙权不会把目光局限于争雄内陆，向海洋发展理所当然地成为了孙权统一中国宏大计划的一部分。为达到这一目的，他曾派将军贺达、孙怡统兵万人渡海到达辽东半岛，派遣将军聂友率兵三万前往海南岛。在海洋方向的顺利发展，使得既关注于扩大自己的领地，又钟情于海洋事业的孙权决定渡海前往夷洲驻守，这无疑是一个具有深远影响和积极意义的重要决策。 据《三国志•吴书•吴主传》记载：黄龙二年，即公元230年的春天，孙权“遣将军卫温、诸葛直将甲士万人浮海求夷洲及澶洲……澶洲在海上，……所在绝远，卒不可得至，但得夷洲数千人还”。这段记载表明了自秦汉以来即与大陆有交往的台湾，到这时又与大陆有了更深的联系，这也是中国军队第一次大规模到达台湾，欲将其置于祖国的直接控制之下。
