从《口袋妖怪金/银》开始，只要玩家通关一次（击败四大天王）就能去博士（哪个博士因版本而定）那里把图鉴升级成全国图鉴，增加登录了更多的精灵（大部分为旧版本的精灵）。
1、《宝可梦太阳·月亮》
是由GAME FREAK开发并由任天堂发售的任天堂3DS角色扮演游戏，是宝可梦系列首次推出官方中文版游戏。游戏对应3DS平台，作品在2016年11月18日发售（欧洲地区除外），欧洲地区在2016年11月23日发售。已在2016年10月18日发布特别体验版。
2、《口袋妖怪 黑·白》
黑白的故事围绕一位年轻的神奇宝贝训练家游历合众地方、训练神奇宝贝对抗其他训练家、挫败电浆团阴谋的故事展开。游戏新引入了156只口袋妖怪（比先前的纪录保持者《口袋妖怪红·绿》多出5只）、季节系统、轮盘对战、全局动画和三打对战等。两版游戏相互独立，但情节大体相同，可以相互交换口袋妖怪以完成游戏图鉴。
3、《口袋妖怪 X·Y》
该作新引入了70种神奇宝贝和妖精系、定制角色、新的战斗训练机制等特色内容，游戏完全应用了多边三维图形（而非之前世代各场景中的二维图像或动画）。一种被称作“超进化”新的进化形式允许玩家对很多已经是最终进化型的神奇宝贝进行再次进化。发布的两个版本彼此独立，但剧情基本相同，可以独立游戏并交换限定的神奇宝贝。
4、《口袋妖怪 钻石·珍珠》
是由Game Freak开发并由任天堂发售的任天堂DS角色扮演游戏。连同其增强重制版《口袋妖怪 白金》，三个第四世代游戏组成了口袋妖怪系列游戏的第五个版本。游戏最初在日本于2006年9月28日发售，之后在2007年陆续于北美、澳洲和欧洲发售。
游戏与之前的口袋妖怪游戏相同，记录了一位年轻的神奇宝贝训练家训练神奇宝贝、进行神奇宝贝对战并挫败敌对组织计划的故事。游戏加入了包括任天堂Wi-Fi连接、神奇宝贝华丽大赛和107只新神奇宝贝在内的许多特色要素。发布的两个版本彼此独立，但剧情基本相同，可以独立游戏并交换限定的神奇宝贝以收集神奇宝贝图鉴。
5、《口袋妖怪终极红宝石·始源蓝宝石》
剧情设定基本基于原始的《口袋妖怪 红宝石·蓝宝石》。由于玩家的父亲千里来到了丰缘地方担任道馆训练家，玩家同自己的母亲也搬家到了丰缘地方。玩家的口袋妖怪之旅从自木守宫、火稚鸡和水跃鱼三只初学者神奇宝贝中选择一只来救下被野生口袋妖怪围攻的小田卷博士开始。此后，玩家和口袋妖怪游历丰缘地方以完成图鉴并挑战丰缘联盟的八个道馆。
注意事项：
除去游戏本体没有全国图鉴的《太阳／月亮》，《红宝石／蓝宝石》是仅有的只要不联机就无法开启全国图鉴的主系列游戏，即使和宝可梦圆形竞技场互动获得了丰缘图鉴之外的宝可梦，依然无法开启。
因此，在2002年《红宝石／蓝宝石》发售至2004年《火红／叶绿》发售之间，宝可梦主系列游戏处于只能使用地方图鉴的一个特殊时期。
尽管从合众地区雪花市的火箭队手下自称自己是“外国人”、卡洛斯地区的NPC称青绿曾来“留学”这两点来判断，合众地区、卡洛斯地区与之前的四个地区（关都、城都、丰缘及神奥）应属于不同的精灵宝可梦国家，但是第五世代之后的“存储了各地所有宝可梦数据的图鉴”仍称为全国图鉴，成为了一个历史遗留的名称问题。