1951年5月在大连市中医医院的原址上旅大市医院管理处第十医院成立。医院占地面积为52000平方米，设有8个疗区，开放床位500张，其任务是收治中国人民志愿军伤病员。
1953年3月中国人民解放军东北军区后方勤务部卫生部第六医院管理局决定在该院址成立第一后方医院。
1954年9月东北军区后方勤务部卫生部第六医院管理局撤销，更名为东北康复医院管理局，第一后方医院亦随着更名为东北康复医院管理局直属大连医院。
1955年更名为辽宁省第一康复医院。
1956年更名为辽宁省康复医院。
1958年辽宁省政府决定撤销辽宁省康复医院，将其一分为二。院领导、部分中层干部、主要医疗骨干力量北迁沈阳，组建辽宁中医学院附属医院。其余部分医疗力量由旅大市卫生局接管，成立了旅大市岭前医院。这时医院面积缩小为18500平方米，而房舍建筑面积不足10000平方米，设病床140张，全院职工207人。
1961年6月10日为贯彻党的中医政策，继承发扬祖国医药遗产，旅大市委、市政府决定，选定该院院址，以旅大市岭前医院人员、设备为基础，以旅大市立二院中医部中医药人员为骨干，组建旅大市中医医院。1961年6月10日旅大市中医医院正式成立。 医院成立之初，人才济济，名医荟萃，是旅大市中医药事业发展的鼎盛期。医院编制床位200张，人员定编为277人，占地面积18200平方米，建筑面积14100平方米；开设了内科、外科、妇儿科、肿瘤科4个病房；设有肿瘤科、内科、外科、妇科、整骨科、针灸科、五官科、儿科等门诊科室。 医院的性质为：以中医药为主，以中西医结合为辅的综和性医院。其主要任务是以医疗防治为中心，以防治肿瘤为重点，攻克疑难病症，收集整理民间秘方、验方、单方，系统整理研究祖国医学理论与临床经验。
1964年下半年“社教”和“四清”运动开始，市委选定市中医医院为全市文教卫生系统的试点单位之一，“四清”工作队进入医院。“社教”和“四清”运动历时一年半之久，这个时期医院不间断地搞运动，无疑对医院的医疗工作是一个冲击和干扰，医院工作处于低潮。
1966年开始的十年动乱，使中医事业遭到严重摧残，而市中医医院是个重灾户，面临崩溃的边缘。 院领导班子基本瘫痪，一些名老中医和高级知识分子被揪斗，关牛棚，受批判，不得不上山下乡接受“再教育”。中医药队伍几乎解体，致使医院的医疗、科研工作无法正常进行。
1978年党的十一届三中全会以后，平反了冤假错案，知识分子政策得以落实，大批专家又回到了工作岗位，医院的医疗、科研工作又重新走上了健康的发展道路。
1983年10月医院的用房均属日俄占领时期所建，大部分已破旧不堪，为改善医疗条件，医院开始进行医院改扩建工程。一期工程即为建筑面积5,600平方米的住院楼，该楼于1983年10月动工，1988年9月竣工投入使用。
1992年11月26日为彻底改善医院的医疗条件，市政府决定对我院进行二期改扩建工程，投资兴建建筑面积为10,583平方米，概算2,242万元的中医院门诊综合楼。1992年11月26日破土动工，于1995年4月投入使用。
1994年10月25日经评审，国家中医药管理局正式批准我院为“三级甲等”中医院。
1994年12月28日由国家中医药管理局医政司、省卫生厅中医处15名专家组成的全国示范中医院评审委员会对我院进行了评审验收，经评审我院已达到全国示范中医院建设标准，被批准为全国示范中医院。
2001年6月为方便患者就医，医院投入316万元在西岗区高尔基路建立了大连市中医医院高尔基路门诊部 。门诊部设内科、外科、、妇科、推拿科、针灸科等科室。
2003年9月我院进行三期改扩建工程，投资兴建建筑面积为12,000平方米的综合楼。2003年9月7日破土动工，于 2005 年12 月19 日投入使用。
2013年1月我院通过国家中管局组织的“三级中医医院等级评审检查验收”。
