（一）办公室
负责机关文电、会务、机要、档案、政务公开、信访、安全、保密、信息化、机关接待、后勤等工作。
（二）政策法规处（行政许可服务处）
承担本部门规范性文件审核；承担本部门行政复议、行政诉讼及行政执法监督等工作；承办本部门行政许可及行政审批事项。
（三)餐饮服务监管处
承担餐饮服务环节的食品监督管理工作；监督实施餐饮服务环节食品安全管理规范，参与重大活动餐饮食品安全保障。
（四）保健食品化妆品监管处
承担保健食品生产、经营监督管理工作；负责化妆品生产、经营卫生监督管理；监督实施保健食品生产经营质量管理规范及化妆品卫生许可有关规范、化妆品卫生标准和技术规范；组织开展保健食品安全监测和评价。
（五）药品安全监管处
监督实施药品、药品包装材料法定标准及质量管理规范；具体实施处方药与非处方药分类管理制度；监督实施药品不良反应监测制度；监督实施药品生产、中药材生产、医疗机构制剂、药物非临床研究和药物临床试验质量管理规范；依法监管毒性药品、麻醉药品、精神药品、放射性药品和药品包装材料及容器。
（六）药品流通监管处
监督实施药品经营质量管理规范；监督实施药品流通领域处方药、非处方药分类管理；负责药品流通、使用环节的日常监管。
（七）医疗器械监管处
监督实施医疗器械标准及质量管理规范；负责辖区内医疗器械生产、经营企业的日常监管；配合实施医疗器械不良事件监测。
（八）药品稽查处
组织实施药品、医疗器械监督管理稽查制度；组织查处有关方面的违法行为；组织实施辖区内药品、医疗器械的抽验工作。
（九）规划财务处
组织实施机关和直属单位财务管理制度；组织编制机关和直属单位的经费预算、决算草案；安排、管理有关项目经费；监管直属单位的国有资产；承担机关财务、行政事业性收费的监督管理工作；承担直属单位内部审计工作。
（十）组织人事处
负责机关和直属单位的机构编制、人事及人员培训等工作；参与组织实施执业药师资格考试工作；负责机关离退休人员工作。
机关党委负责机关和直属单位的党群工作。
另按有关文件规定设置纪检监察机构。
