神界原罪2共有六个结局，其中有两个特殊结局，分别是平分神权(特殊)、延续永恒(特殊)、放弃神性、一统神界、众生平等和禁用源力。
1、平分神权-特殊
队伍中不能有洛许，因为洛许的任务是杀掉医生，所有的桥段都会指向这个剧情。另外，如果是费恩作为主角，那么另一个必要条件就是费恩不能宣誓神王。
2、延续永恒-特殊
该结局为费恩作为主角时的结局，费恩作为主角，可以在无名岛时投靠黑环(详见支线“薄情寡义”)，杀掉所有队友。或者在最后进入达利斯，卢西安，布雷克斯的“口水大战”之前，杀掉所有队友来博得神王的信任。
3、牺牲自己放弃源力修复障壁
这个结局的世界最为美好，没有，没有虚空，世界各地一片繁荣。但是这个结局有矛盾，理论上来说如果你放弃源力，那你就会失去灵魂变成一个默僧，剧情中也是这么说的。
但是在结局的里说的是你并没有变成默僧，而是主人公身为一个凡人回到了这个世界，之后的命运由你决定。那或许可以理解为找到了不变默僧的方式，如果真的是这样，那么这个结局应该是最好的一个结局。
4、平分所有源力给所有的人
结局是人们都有了源力之后，团结一致驱逐了虚空，但是之后各个种族之间的又开始打响。由于再也不会有神圣化身，阿兹没落成为考古圣地。
蜥蜴王国再次崛起，精灵也重新获得了强大的力量，但是不断。对于主人公的描写是，你身为诸多源力者中的一个，之后的命运由你决定。
5、自己成为神圣化身
结局为你吸取了卢锡安的源力成为了新的神圣化身，大部分种族也在你的统御下继续对抗虚空，但是死伤惨重，虚空也依然强大，和之前的世界没有什么区别。浮木镇被灭，欢乐堡成为源力者的庇护所。人们也该死的死该逃的逃，旁白还反问玩家，你这算是哪门子神圣化身?
6、不接受任何力量
卢锡安死去，主人公也没有接受源力成为神圣化身。神王重新获得控制权让一切都回到了7神(魔)叛变之前的正确世界。所有人都成为了神王和永恒族的奴隶，世界不复存在只剩下无尽的虚空。