水利水电工程施工资质是针对专业工程的，市政施工总承包企业资质是针对整体工程的，整体接来工程可以把自己不会的专业工程再分包出去，但专业的不能再分包了。
市政公用工程施工总承包资质
承包工程范围
1、一级资质
可承担各类市政公用工程的施工。
2、二级资质
可承担下列市政公用工程的施工：
（1）各类城市道路；单跨45米以下的城市桥梁；
（2）15万吨/日以下的供水工程；10万吨/日以下的污水处理工程；25万吨/日以下的给水泵站、15万吨/日以下的污水泵站、雨水泵站；各类给排水及中水管道工程；
（3）中压以下燃气管道、调压站；供热面积150万平方米以下热力工程和各类热力管道工程；
（4）各类城市生活垃圾处理工程；
（5）断面25平方米以下隧道工程和地下交通工程；
（6）各类城市广场、地面停车场硬质铺装；
（7）单项合同额4000万元以下的市政综合工程。
3、三级资质
可承担下列市政公用工程的施工：
（1）城市道路工程（不含快速路）；单跨25米以下的城市桥梁工程；
（2）8万吨/日以下的给水厂；6万吨/日以下的污水处理工程；10万吨/日以下的给水泵站、10万吨/日以下的污水泵站、雨水泵站，直径1米以下供水管道；直径1.5米以下污水及中水管道；
（3）2公斤/平方厘米以下中压、低压燃气管道、调压站；供热面积50万平方米以下热力工程，直径0.2米以下热力管道；
（4）单项合同额2500万元以下的城市生活垃圾处理工程；
（5）单项合同额2000万元以下地下交通工程（不包括轨道交通工程）；
（6）5000平方米以下城市广场、地面停车场硬质铺装；
（7）单项合同额2500万元以下的市政综合工程。
实他们之间的区别在于可承包的工程范围，以下可承包的工程范围摘取自住建部新《建筑业企业资质标准》中“市政公用工程施工总承包”、“水利水电工程施工总承包”两项的可承包范围，请参阅。
市政公用工程施工总承包资质
承包工程范围
1、一级资质
可承担各类市政公用工程的施工。
2、二级资质
可承担下列市政公用工程的施工：
（1）各类城市道路；单跨45米以下的城市桥梁。
（2）15万吨/日以下的供水工程；10万吨/日以下的污水处理工程；25万吨/日以下的给水泵站、15万吨/日以下的污水泵站、雨水泵站；各类给排水及中水管道工程。
（3）中压以下燃气管道、调压站；供热面积150万平方米以下热力工程和各类热力管道工程。
（4）各类城市生活垃圾处理工程。
（5）断面25平方米以下隧道工程和地下交工程。
（6）各类城市广场、地面停车场硬质铺装。
（7）单项合同额4000万元以下的市政综合工程。
3、三级资质
可承担下列市政公用工程的施工：
（1）城市道路工程（不含快速路）；单跨25米以下的城市桥梁工程。
（2）8万吨/日以下的给水厂；6万吨/日以下的污水处理工程；10万吨/日以下的给水泵站、10万吨/日以下的污水泵站、雨水泵站，直径1米以下供水管道；直径1.5米以下污水及中水管道。
（3）2公斤/平方厘米以下中压、低压燃气管道、调压站；供热面积50万平方米以下热力工程，直径0.2米以下热力管道。
（4）单项合同额2500万元以下的城市生活垃圾处理工程。
（5）单项合同额2000万元以下地下交通工程（不包括轨道交通工程）。
（6）5000平方米以下城市广场、地面停车场硬质铺装。
（7）单项合同额2500万元以下的市政综合工程。
市政公用工程的承包工程范围：
1、一级资质
可承担各类市政公用工程的施工。
2、二级资质
可承担下列市政公用工程的施工：
（1）各类城市道路；单跨45米以下的城市桥梁。
（2）15万吨/日以下的供水工程；10万吨/日以下的污水处理工程；25万吨/日以下的给水泵站、15万吨/日以下的污水泵站、雨水泵站；各类给排水及中水管道工程。
（3）中压以下燃气管道、调压站；供热面积150万平方米以下热力工程和各类热力管道工程。
（4）各类城市生活垃圾处理工程。
（5）断面25平方米以下隧道工程和地下交通工程。
（6）各类城市广场、地面停车场硬质铺装。
（7）单项合同额4000万元以下的市政综合工程。
3、三级资质
可承担下列市政公用工程的施工：
（1）城市道路工程（不含快速路）；单跨25米以下的城市桥梁工程。
（2）8万吨/日以下的给水厂；6万吨/日以下的污水处理工程；10万吨/日以下的给水泵站、10万吨/日以下的污水泵站、雨水泵站，直径1米以下供水管道；直径1.5米以下污水及中水管道。
（3）2公斤/平方厘米以下中压、低压燃气管道、调压站；供热面积50万平方米以下热力工程，直径0.2米以下热力管道。
（4）单项合同额2500万元以下的城市生活垃圾处理工程。
（5）单项合同额2000万元以下地下交通工程（不包括轨道交通工程）。
（6）5000平方米以下城市广场、地面停车场硬质铺装。
（7）单项合同额2500万元以下的市政综合工程。
本回答被网友采纳企业承包是个人承包，水利水电施工是国家施工，区别在于一个个人，一个政府。
人承包经营的特点是：承包人集企业经营管理权于一身，权力大，承包经营风险的压力也大，权、责、利比较能够真正落实，有利于避免在承担责任与风险上的相互推诿。然而，即使是优秀的经营者，毕竟个人的能力和精力有限。因此，个人承包一般只适合于小型企业，而不适应大中型企业。
个人承包是指企业与个人承包经营者通过订立承包经营合同，将企业的全部或者部分经营管理权在一定期限内交给个人承包者，由个人承包者对企业进行经营管理。
其实他们之间的区别在于可承包的工程范围，以下可承包的工程范围摘取自住建部新《建筑业企业资质标准》中“市政公用工程施工总承包”、“水利水电工程施工总承包”两项的可承包范围，请参阅。
水利水电工程施工总承包叁级可承担单项合同额不超过企业注册资本金5倍的下列工程的施工：库容1000万立方米、装机容量10mw及以下水利水电工程及辅助生产设施的建筑、安装和基础工程施工。水利水电工程总承包三级就是水利水电工程施工总承包叁级吧。