不会直接扣分。电子眼拍闯红灯只能识别车辆牌照，并不能识别驾驶员，所以不会随便扣车主的驾照分，也行骑车的另有其人呢。这时候就要看去处理该违章的骑车人有什么驾驶证决定处罚情况了。
两种情况：
一、骑摩托车的人有摩托车驾驶证，这时候和汽车驾驶证没有关系，各管各。摩托车违章就扣摩托车驾驶证的分。
二、骑摩托车的人没有摩托车驾驶证，只有汽车驾驶证；这时候就有关系了，属于准驾不符，汽车驾照会被扣12分。
《交通违法行为记分分值》规定
机动车驾驶人有下列违法行为之一，一次记12分：
（一）驾驶与准驾车型不符的机动车的；
（二）饮酒后驾驶机动车的；
（三）驾驶营运客车（不包括公共汽车）、校车载人超过核定人数20％以上的；
（四）造成交通事故后逃逸，尚不构成犯罪的；
（五）上道路行驶的机动车未悬挂机动车号牌的，或者故意遮挡、污损、不按规定安装机动车号牌的；
骑摩托车违章被抓，却要扣汽车驾驶证的分合理吗？今天总算明白了