鼓楼区初中学校排名为南京师范大学附属中学（南师附中）；南京市金陵中学；南京市第二十九中学（南京二十九中）等等。
一、南京师大附中是一所发展中的百年老校，是首批国家级示范高中、教育部基础教育改革实验基地、中国基础教育十大名校之一、江苏省重点中学、江苏省模范学校、江苏省四大名校之一、ISC国际学校联盟成员学校。
自1902年张之洞奏设三江师范学堂并设附属中学堂（附中前身）以来，南京师大附中在深厚的历史文化底蕴中，伴随中国近现代教育一起成长。七迁校址，十易其名。世纪风雨，培育“社会中坚”；历尽沧桑，不改青云之志。南京师大附中历史上以“慎聘良师、锐意实验、校风诚朴、善育英才”而著称。
二、南京市金陵中学创建于1888年，原为美国基督教创办的汇文书院，后更名金陵大学附属中学，简称金陵中学。1951年改名南京十中，1988年恢复原名金陵中学。现为江苏省重点中学、模范学校、国家级示范高中。百年来，培养了4万多名毕业生，陶行知、吕彦直、吴仲华、厉以宁等著名校友和他们创造的不朽的业绩为金陵中学的历史增添了无限的光彩。
因此，被誉为“英才摇篮”。坐落市区中心中山路169号，占地5万平方米，环境优美，师资优良，设施齐全，设备先进。现有初、高中58个班，学生3128多人，教职工236人，其中特级教师7名，学科带头人12名，优秀青年教师34名，高级教师94名。许多著名高校教师和高级科研机构的院士在校担任兼职教师。
金陵中学是一座面向国际的名校。目前，金陵中学与美国、英国、俄罗斯、日本、澳大利亚等10多个国家的知名中学建立了友好关系，并经常组织师生间的互访和交流活动。
三、江苏教育学院附属高级中学（南京二十九中）地处鼓楼区龙江小区。西濒长江，东临秦淮，凭依石头城，毗邻清凉山。建校68年，以育英才为己任，学子遍寰球，办学业绩辉煌，享誉海内外，先后获得国家级示范高中、江苏省四星级高中、江苏省文明单位等称号200余项。学校具有先进的育人理念：即“培养既有中国优秀文化素养、又具国际视野的现代公民”。
学校具有鲜明的办学目标：即“质量上乘，特色鲜明”的学校目标，“站稳课堂，写好文章”的教师目标，“全面发展，学有专长”的学生目标。