新农合重大疾病报销的比例根据医院等级不同，报销的比例就会有所差异。报销的方式是超过基本医疗最高支付限额以上的医疗费用，医疗费用范围不同，报销的比例也会有不同。
报销比例：
1、医疗费用在0-4万元以下，报销85%；
2、医疗费用在4-8万元以下，报销90%；
3、医疗费用在8元以上，可报销95%；
不同医疗机构报销比例：
1、门诊统筹乡、村补助比例分别提高到了65%、75%；
2、一级医疗机构住院费用在400元以下，没有起付线标准；
3、二级医疗机构补助的比例将会提高到75%—80%；
4、三级医院机构住院费用补助的比例55%—60%；
5、省三级医疗机构住院费用，所补助的比例55%；
6、儿童等8种大病和肺癌等12种大病，新农合的补助病种定额的比例为70%；
所以说，新农合在重大疾病报销比例上，医院等级不同、花费的医疗费用的不同报销的比例都有有差异。
新型农村合作医疗（简称“新农合”）是指由政府组织、引导、支持，农民自愿参加，个人、集体和政府多方筹资，以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度。其采取个人缴费、集体扶持和政府资助的方式筹集资金。
2002年10月，中国明确提出各级政府要积极引导农民建立以大病统筹为主的新型农村合作医疗制度。2009年，中国作出深化医药卫生体制改革的重要战略部署，确立新农合作为农村基本医疗保障制度的地位。2015年1月29日，国家卫计委、财政部印发关于做好2015年新型农村合作医疗工作的通知提出，各级财政对新农合的人均补助标准在2014年的基础上提高60元，达到380元。
2017年，各级财政对新农合的人均补助标准在2016年的基础上提高30元，达到450元，其中：中央财政对新增部分按照西部地区80%、中部地区60%的比例进行补助，对东部地区各省份分别按一定比例补助。农民个人缴费标准在2016年的基础上提高30元，原则上全国平均达到180元左右。探索建立与经济社会发展水平、各方承受能力相适应的稳定可持续筹资机制。
法律依据：
《中华人民共和国社会保险法》第二十八条 符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。
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