转基因农业产品的隐患目前，世界各国对转基因食品主要担心和争论的是以下几个方面。1 对人类和动物健康可能的影响（1）该类食品携带的抗生素基因有可能使动物与人的肠病原微生物产生耐药性，这是人们最关心的问题。（2）抗昆虫农作物体内的蛋白酶活性抑制剂和残留的抗昆虫内毒素，可能对人体健康有害。有人认为，抗昆虫农作物体内的蛋白酶活性抑制剂和抗昆虫内毒素，既然能使咬食其叶片的昆虫的消化系统功能受到损害，那么谁又能担保其叶片、果实、种子不会对人畜产生类似的伤害呢？所以奥地利、卢森堡规定禁止进口转基因抗虫玉米。（3）随着基因改造的抗除草剂农作物的推广，由于农作物不受除草剂的影响，可能导致除草剂的用量增加，从而导致除草剂在食品中残留量最大。（4）引入病毒外壳蛋白基因的抗病毒农作物可能对人体健康产生危害。2 对生态环境可能的影响（1）如果转基因高产作物一旦通过花粉导入方式将高产基因传给周围杂草，会引发超级杂草出现，改变自然的生物种群，打破生态平衡，对天然森林造成基因污染和对这些地区的其它物种带来不可预见的后果。（2）如果有些作物和周围生长的近缘野生种发生天然杂交，会将自身的基因转入野生种。如果所转基因是一个抗除草剂基因，就会使野生杂草获得抗性，增加了杂草控制的难度，特别是多个抗除草剂基因同时转入一个野生种时，将会带来灾难性的后果。（3）如果转基因不育品种的不育基因在种植地大肆传播，会导致当地农业崩溃。美国DPL公司和美国农业部联合申请了一个“终止子技术”的专利，并于1998年3 月获得美国专利局的批准。该专利技术可使作物种植后得到的种子是不育的，虽然收获了种子，但不能留作种用。“终止子技术”引起国际很大的反响。许多国家认为，由于外观上分不清“终止子技术”生产的种子，通过出售或交换不能发芽的种子，播种后可能会对生产造成不可弥补的损失；通过花粉非故意传播会造成不育基因在种植地大肆传播，会导致当地农业崩溃。为了保护世界生物资源和食品原料，许多国家和组织纷纷要求禁止使用“终止子技术”。
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