鼻咽癌的发病因素是多方面的。多年来临床观察及实验研究表明，以下因素与鼻咽癌的发生有密切关系。
1.遗传因素
（1）家族聚集现象 许多鼻咽癌患者有家族患癌病史。鼻咽癌具有垂直和水平的家族发生倾向。
（2）种族易感性 鼻咽癌主要见于黄种人，少见于白种人；发病率高的民族，移居他处（或侨居国外），其后裔仍有较高的发病率。
（3）地域集中性 鼻咽癌主要发生于我国南方五省，即广东、广西、湖南、福建和江西，占当地头颈部恶性肿瘤的首位。东南亚国家也是高发区。
（4）易感基因 近年来，分子遗传学研究发现，鼻咽癌肿瘤细胞发生染色体变化的主要是1、3、11、12和17号染色体，在鼻咽癌肿瘤细胞中发现多染色体杂合性缺失区（1p、9p、9q、11q、13q、14q和16q）可能提示鼻咽癌发生发展过程中存在多个肿瘤抑癌基因的变异。
2.病毒感染
1964年Epstein和Barr首次从非洲儿童淋巴瘤（Burkitt淋巴瘤）的活检组织中建立了一株可以传代的淋巴母细胞株。电镜下可见疱疹型病毒颗粒。由于它具有与疱疹病毒家族其他成员不同的特性，故命名为Epstein-Barr病毒，即EB病毒。
从鼻咽癌组织中可分离出带病毒的类淋巴母细胞株，少数在电镜下可见病毒颗粒。免疫学和生物化学研究证实EB病毒与鼻咽癌关系密切。EB病毒抗体滴度的动态变化和监测，可以作为临床诊断、估计预后和随访监控的指标。
除EB病毒外，其他病毒如冠状病毒等，也被认为参与了鼻咽癌的发生发展过程。
3.环境因素
有报告显示移居国外的中国人，其鼻咽癌死亡率随遗传代数逐渐下降。反之，生于东南亚的白种人，其患鼻咽癌的危险性却有所提高。提示环境因素可能在鼻咽癌的发病过程中起重要作用。
流行病学调查发现，广东省鼻咽癌高发区内的婴儿，在断奶后首先接触的食物中便有咸鱼。另外，鱼干、广东腊味也与鼻咽癌发病率有关。这些食品在腌制过程中均有亚硝胺前体物亚硝酸盐。人的胃液pH值在1～3时，亚硝酸或硝酸盐（需经细胞还原成亚硝酸盐）可与细胞中的仲胺合成亚硝胺类化合物。这些物质有较强的致癌作用。
某些微量元素，如镍等在环境中含量超标，也有可能诱发鼻咽癌。
鼻咽癌病人有种族及家族聚集现象，鼻咽癌可能是遗传性疾病。最近发现决定HLA的某些遗传因子和鼻咽癌间的相关性。有报道鼻咽癌高发家族外周血淋巴细胞染色体畸变与鼻咽癌遗传易感性有一定关系。
2、环境与饮食
环境因素是诱发鼻咽癌的一种原因。专家经过临床研究发现，鼻咽癌高发区的大米和水中的微量元素镍含量较低发区为高。在鼻咽癌患者的头发中，镍含量亦高。镍可能是促癌因素。二亚硝基派嗪与鼻咽癌的发生有关。
3、EB病毒感染
EB病毒感染的细胞可产生多种EB病毒特异性抗原，包括早期抗原、壳抗原、膜抗原和核抗原等。人体感染了EB病毒后会产生相应的各种抗体。这些抗体可以作为鼻咽癌的血清学诊断标记，但正常人的EA-IgA抗体阳性率较高，在诊断鼻咽癌时不如VCA-IgA特异。进一步研究表明，检测血清中EA-IgA抗体比VCA-IgA抗体更为特异，但不如VCA-IgA敏感。VCA-IgA抗体阳性者有鼻咽癌发生的高度危险性。
究竟是什么原因患上鼻咽癌呢
1、环境致癌因素：许多调查报告和实验结果表明，鼻咽癌的发生与高发区居民的生活环境有关，与衣、食、住、行中接触的一些致癌物质有关。例如，高发区的居民不少自幼喜食咸鱼，咸鱼中含有较多的亚硝胺化合物；病人家庭的烟尘中含有大量芳香族多环烃；此外，高发地区的空气、水源、食物以至于病人的头发中均含有较多的微量元素镍等等，这些物质都被认为具有致癌作用。
2、遗传因素：鼻咽癌主要见于黄种人。我国南方（广东、广西、湖南、福建）等省和东南亚一些国家是全世界鼻咽癌发病率最高的地区。广东省又以广州、佛山、肇庆等地区的发病率最高，每10万男性中就有18～27个人患此病，而女性占8～9个人。高发区的人即使迁居远地，如到了东北，其后裔仍保持有很高发病的倾向，这说明了鼻咽癌的发生有明显的种族敏感性。此外，不论在高发区还是在低发区中，都可以发现有家族聚集性的倾向。例如普查中就发现有这样典型的例子，一家三代49人中，有10人患癌症，其中9人是鼻咽癌。可以认为，遗传因素在鼻咽癌的病因方面起重要作用。
3、病毒因素：1964年，有人从非洲儿童恶性淋巴瘤培养成功的一株瘤细胞中，在电子显微镜下观察，发现大量疱疹病毒颗粒，并命名为EB病毒，后来的研究表明，此病毒与鼻咽癌有密切关系。例如，鼻咽癌病人的血清中有对EB病毒各种特异性抗原的抗体反应，而且抗体的量由早期到晚期的发展过程在不断增多；EB病毒大量存在于鼻咽癌活检组织中；EB病毒不但能使人体组织，而且能使接近于人类的灵长类动物的组织发生恶性改变，有明显的致肿瘤作用，等等。根据这些实验结果，有人甚至认为EB病毒可能就是鼻咽癌的病因。