2008年6月30日，事件初步平息第二天一早，贵州省委书记石宗源赶到瓮安查看现场，走进老百姓家里倾听群众的想法，并召开当地人大代表、政协委员和群众座谈会，他三次鞠躬向百姓道歉，并一针见血地指出，这起事件有深层次的因素，一些长期积累的社会矛盾没有得到应有的重视和妥善的解决，干群关系紧张、治安环境不好，一些地方、一些部门在思想意识、干部作风和工作方法上还存在很多问题，群众对我们的工作不满意。
2008年7月2日，在贵阳召开的事件阶段性处置情况汇报会上，石宗源提出，要严查彻究在此次事件中严重失职渎职的干部特别是领导干部的责任。 “公安机关不作为，黑恶势力才能横行。要说黑恶势力能够煽动这么多‘不明真相的群众’围攻县政府，只怕三岁小孩也不相信。”当地一家茶叶店老板说。 当地公安机关已排查出瓮安“6·28”事件共有300余人参与，其中教师、学生110余人，瓮安最大黑帮“玉山帮”主要头目已被缉拿归案，但至今尚未公布黑帮头目或其他人事先“组织、预谋”制造这一事件的充分证据。 也有群众怀疑说：“既然县公安局有人是黑恶势力的保护伞，那黑恶势力煽动群众火烧公安局，不是和自己过不去吗？”现已查明，参与这一事件的黑帮成员，基本上只是一些“小喽罗”，很多人是去看热闹时“自作主张”参加打砸烧的。
2008年7月3日，中共贵州省委在贵阳召开瓮安“6·28”事件阶段性处置情况汇报会，决定严查彻究在此次事件中严重失职渎职的干部特别是领导干部的责任，建议免去瓮安县委常委、政法委书记、县公安局政委罗来平和县公安局党委书记、局长申贵荣的职务。同时，要求纪检监察部门按照《中国共产党纪律处分条例》查究瓮安县委、县政府主要领导和有关领导的责任。
2008年7月4日，贵州继续严肃追究瓮安6.28事件干部责任，贵州省委和黔南州委分别作出决定，任命龙长春为中共黔南州委委员、常委、中共瓮安县委委员、常委、书记，免去其中共铜仁地委委员职务，提请省人民政府免去其铜仁地区行政公署副专员职务；谢晓东为中共瓮安县委委员、常委、副书记，提请瓮安县人大常委会任命其为县人民政府县长。王勤被免去中共瓮安县委书记、常委、委员职务；王海平被免去中共瓮安县委副书记、常委、委员职务，提请瓮安县人大常委会免去其县人民政府县长职务。
2008年12月16日下午，中共黔南州九届六次全委（扩大）会表决通过了追认给予王勤、王海平撤销党内职务处分的决定。决定称，在2008年瓮安县发生“6·28”事件处置过程中，该县原县委书记王勤，县委副书记、县长王海平处置不当，存在工作失职行为。根据《中国共产党纪律处分条例》之规定，经黔南州委常委会2008年8月21日决定，并报贵州省委常委会2008年8月29日批准，给予王勤同志撤销黔南州第九届州委委员，瓮安县县委书记、常委、委员，瓮安县人民武装部党委第一书记等职务的处分，职级由正县级降为副县级；给予王海平撤销黔南州第九届州委委员，瓮安县委副书记、常委、委员职务处分，职级由正县级降为副县级的处分。
