（一）办公室协助局领导对有关工作进行综合协调和督促检查；负责局机关政务运行和各项管理制度的起草并组织实施；负责以部门名义下发文件的审核、制发工作；负责重要会议的组织和会务工作；负责秘书事务、文书档案、公共关系、提案和议案办复、信访、保密、保卫工作；负责办公自动化工作；负责局机关公共事务和行政后勤管理工作。
（二）行政审批办公室负责本部门行政许可及其他行政审批事项的受理、审批和办复工作，负责牵头组织行政许可及行政审批事项的勘察、论证、检验、检测、认证、审核、上报等（含年审、年检、收费）相关工作，负责行政审批决定送达和行政许可证件的发放管理工作，负责制定和完善本部门行政许可和行政审批项目的工作程序、工作制度以及行政审批专用章的使用和管理工作。
（三）政策法规处负责交通运输地方性法规、政府规章草案的调研、论证、起草和执法证件管理等工作；负责本部门、本系统行政执法层级监督的具体工作；承担本部门行政复议、行政应诉有关工作；负责组织开展政策调研工作；指导交通运输行业法制工作。
（四）规划统计处组织编制综合运输体系规划，承担有关协调工作，参与城市地铁、轨道交通等综合运输枢纽的规划工作；负责组织编制全市交通行业的发展规划和计划并组织实施；参与拟订物流业发展战略和规划，提出有关政策和标准；负责公路、运输、公交基础设施项目的前期工作；负责公路扶贫项目的协调和管理工作；负责哈市辖区公路建设企业资质、资信的审核工作；负责交通基础设施的投资、融资工作；负责交通运输环保工作；负责交通运输综合统计工作。
（五）综合指导处（哈尔滨市交通战备办公室与其合署）负责指导交通运输所属企业的改组改制工作；负责公路、公交客运票价的前期工作；负责指导全市交通运输行业管理工作；负责全市重大活动涉及交通运输工作的协调、管理；负责全市交通战备工作。
（六）科技处负责交通运输行业重大科技项目的实施和信息化建设工作；负责工程技术咨询、交流、引进及重大工程技术的研讨和处理工作；管理交通运输行业标准和计量工作。
（七）安全监督处（应急办公室）负责全市公路、水路、公交（含出租车）行业安全生产和应急管理工作；制定并落实交通安全生产规章制度，组织安全教育和安全检查工作；负责交通运输系统的社会治安综合治理工作；负责突发事件应急处置和依法组织或参与有关事故调查处理工作。
（八）建设管理处负责拟订全市交通运输基础设施和公路、公交基本建设相关政策、制度和技术标准并监督实施；指导交通运输基础设施建设和维护；承担交通运输基础设施建设市场管理；参与审查交通运输重点工程可行性研究报告；承担交通运输重点工程施工图设计、变更设计和规定权限内的初步设计初审；承担交通运输重点工程、大修工程建设监督管理、工程招标、施工许可和规定权限内的竣工验收工作；承担工程技术咨询、交流、引进推广工作。
（九）财务审计处组织制定交通运输行业财务会计规章、制度；负责交通运输基础建设的引资、融资、专项资金管理等财务工作；负责市交通运输专项资金审计和所属单位行政负责人离任审计工作；指导交通运输系统的内部审计工作；负责所属单位国有资产保值增值、财务收支、经济效益以及市投资项目的审计工作。
（十）人事处负责局机关和所属单位的人事、工资、机构编制、奖惩、培训、专业技术职务评聘等管理工作；负责局机关和所属单位人才交流和智力引进工作。
党群工作部负责系统党委政治、思想、组织、宣传、统战、群团等方面的工作。
离退休干部工作处负责机关和指导所属单位的离退休干部工作。
机关党委负责机关党群工作。
纪检监察室负责机关和所属单位的纪检、监察工作。
