一、位置不同
1、温州医科大学：学校位于温州市学院西路268号。
2、温州医科大学仁济学院：温州医科大学仁济学院新校区位于温州市洞头区北岙街道新城二期围垦地块，东临大门环路，南靠霓屿路，西侧紧靠滨海大道，北与海景大道相邻。
二、性质不同
1、温州医科大学：第二批省重点建设高校，是全国首批硕士学位授予单位，具有博士学位授予权，是国家卫生健康委员会、教育部和浙江省人民政府三方共同建设的高校。
2、温州医科大学仁济学院：成立于1999年8月，是经国家教育部和浙江省人民政府批准设立的，按新型办学模式和运行机制建立的全日制省属本科独立院校。
三、院系专业不同
温州医科大学：截至2018年10月，学校设有15个二级学院，有5所附属医院，在浙江省设有19所非直管附属医院（临床学院），开设26个本科专业，2个专科专业，涉及医学、理学、工学、管理学、文学、法学、教育学等七大学科门类。
温州医科大学仁济学院：有医学、理学、工学、管理学、文学、法学6大学科门类24个本科专业，其中省重点学科1个、省新兴特色专业4个、市重点建设专业3个，省、市精品课程4门，省级重点教材6部。
参考资料来源：百度百科-温州医科大学仁济学院
参考资料来源：百度百科-温州医科大学
一、创办背景不同
1、温州医科大学：位于温州，成立于1999年8月，是经国家教育部和浙江省人民政府批准设立的，按新型办学模式和运行机制建立的全日制省属本科独立院校。
2、仁济学院：学校可溯源至创办于1912年的浙江医学专门学校，1958年8月由浙江医学院从杭州分迁至温州建立，初名浙江第二医学院，后以校址所在地改名为温州医学院，2013年更名为温州医科大学。
二、专业设置不同
1、温州医科大学：学校设有15个二级学院，有5所附属医院，在浙江省设有19所非直管附属医院（临床学院），开设26个本科专业，2个专科专业，涉及医学、理学、工学、管理学、文学、法学、教育学等七大学科门类。
2、仁济学院：学院设有8个职能部门及13个学部，即临床医学一部、临床医学二部、人文与管理学部、护理学部、口腔医学部、检验与生命科学学部、外国语学部、环境与公共卫生学部、药学部、信息与工程学部、基础医学部、社会科学教学部、体育教育学部。
现有医学、理学、工学、管理学、文学、法学6大学科门类24个本科专业，其中省重点学科1个、省新兴特色专业4个、市重点建设专业3个。
三、地理位置不同
1、温州医科大学：温州市学院西路268号。
2、仁济学院：学院坐落于温州市瓯海区茶山高教园，新校区（在建）位于温州市洞头区北岙街道新城二期围垦地块，东临大门环路，南靠霓屿路，西侧紧靠滨海大道，北与海景大道相邻。
参考资料来源：百度百科-仁济学院
参考资料来源：百度百科-温州医科大学
本回答被网友采纳温州医科大学是一科，仁济学院是三本。
仁济是独立学院，和本部招生代码是不一样的，从本质上来说应该算是两所学校，但是共享教育资源。
温州医科大学：
温州医科大学是浙江省省属普通高等学校，2015年成为浙江省人民政府、国家卫生计生委和教育部共建高校，是全国首批硕士学位授予单位，具有博士学位授予权。现有临床医学一级学科博士点，临床医学、护理学、中药学、生物学、生物医学工程、基础医学、中西医结合、药学等8个一级学科硕士点，6个专业硕士学位授权点；设有临床医学一级学科博士后科研流动站。拥有1个国家工程技术研究中心、1个省部共建国家重点实验室培育基地、13个省部级重点实验室（研究中心）、1个浙江省“2011协同创新中心”；2个浙江省“重中之重一级学科”，3个浙江省A类一流学科、7个B类一流学科，10个浙江省高校重点学科。
学校有38个本科专业，涉及医学、理学、工学、管理学、文学、法学、教育学等七大学科门类。目前有全日制在校生16288人（不含独立学院——温州医科大学仁济学院），其中博士研究生118人，硕士研究生2839人，学历教育留学生755人。学校现有教职员工及医护人员10000余人（含附属医院），其中具有高级专业技术职务1600余人。学校本部现有专任教师1380余人，其中具有正高级专业技术职务344人，具有副高级专业技术职务438人。
温州医学院仁济学院：
温州医科大学仁济学院成立于1999年8月，是经国家教育部和浙江省人民政府批准设立的，按新型办学模式和运行机制建立的全日制省属本科独立院校。学院现有医学、理学、工学、管理学、文学、法学六大学科门类，24个本科专业，全日制在校生6500余人。设有8个职能部门及24个系（部、馆）。现已成为浙江省医学人才培养的重要基地之一，是全国独立学院常务理事单位。
2011年9月28日，温州医学院仁济学院（洞头）新校园项目正式签约。该项目选址洞头县新城二期，计划于2015年建成投用。
学院新校园签约项目，位于洞头县新城二期，坐落于11平方公里海西湖区域，即联合国生态人居试验园区海岛案例工程所在地内。新校园规划用地面积515.24亩，计划2012年初开工建设，2015年建成投用。届时，全日制在校生规模将达到8000多人。
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