南京大学为了填补国内在域外汉籍研究领域的空白，于2000年2月成立了专门的科研机构——域外汉籍研究所。该研究所的设立目标是系统、持续地研究以汉字为书写工具的域外文化，特别是对日本、韩国、越南所藏汉籍的深入探究，旨在推动东亚汉文化的整体研究，促进文化交流与理解。
研究所的研究策略严谨朴实，强调文献学为基础的综合研究，以期增进学术交流。其研究计划包括多个系列：期刊《域外汉籍研究集刊》每年出版一辑，已出版至第二辑；资料系列计划出版一系列汉籍资料，涵盖了丰富的东亚文学评论、宋诗研究、杜甫研究等；研究系列则计划出版关于清代诗话、朝鲜时代汉文学、越南汉喃古籍等多个主题的著作，总计字数超过1000万字。
另一方面，美学研究所则聚焦于马克思主义美学在中国的应用和中国传统美学的现代解读，旨在通过现代人文科学方法与美学研究的结合，推动中国现代文化建设与美学发展。
南京大学文学院，可溯至清光绪二十八年（1902）创立的三江师范学堂与光绪十四年（1888）成立的基督教汇文书院。其设科建系则始于1914年成立的南京高等师范学校。此后历经国立东南大学、国立第四中山大学、江苏大学、国立中央大学、南京大学等时期。1952年南京大学院系调整，金陵大学并入南京大学，组成了南京大学中国语言文学系。2007年更名为南京大学文学院，内设文学系、语言学系、戏剧影视艺术系、文献学系和大学语文部、国际汉学部。中国语言文学学科，是首批一级国家重点学科、首批国家文科基础学科人才培养和科学研究基地。