横断山脉主要河流有金沙江、澜沧江、怒江、雅砻江、大渡河以及岷江等。
1、金沙江
金沙江，是中国长江的上游。因江中沙土呈黄色得名。又名绳水、淹水、泸水。川藏界河。金沙江的发源地是唐古拉山脉东段北支5054米的无名山地东北处，行政隶属玉树州杂多县结多乡。金沙江落差3300米，水力资源一亿多千瓦，占长江水力资源的40%以上。干流是规划有多级梯级水电开发。金沙江流急坎陡，江势惊险，航运困难。
2、澜沧江
澜沧江发源于中国青海省唐古拉山东北部，流经西藏、云南两省区，出中国国境后被称为湄公河，中国境内干流长为2161km，集水面积为167487 km2。澜沧江纵贯横断山脉，是世界上最典型的南北走向的河流。从地势上流域由北向南呈阶梯状下降趋势，其主体地貌特征表现为高山峡谷相间。随山脉南延，山川间距由上游向下逐渐展宽，上紧下疏如帚状。
3、怒江
怒江是中国西南地区的大河流之一，发源于青藏高原的唐古拉山南麓的吉热拍格。它深入青藏高原内部，由怒江第一湾西北向东南斜贯西藏东部的平浅谷地，从河源至入海口全长3240公里，云南省内流域面积3.35万平方千米，占云南省面积8.7%。径流总量约700亿立方米。怒江是中国唯一一条没有建造水电站的大河。
4、雅砻江
雅砻江，古名若水，亦称泸水，藏语称尼雅曲，意为多鱼之水。源于青海省玉树州巴颜喀拉山南麓。雅砻江是典型的高山峡谷型河流。流域地势北、西、东三面高，向南倾斜，河源地区隔巴颜喀拉山脉与黄河流域为界，其余周边夹于金沙江与大渡河流域之间，呈狭长形，流域面积近128439平方公里。
5、大渡河
渡河发源于青海省玉树藏族自治州境内阿尼玛卿山脉的果洛山南麓，全长1062公里，流域面积7.77万平方公里，大渡河支流较多。大渡河流域为中国地质灾害高易发区，以滑坡和泥石流为主。大渡河水力理论蕴藏量丰富，可开发装机2336.8万千瓦。流域内旅游资源丰富，著名的峨眉山、贡嘎山、海螺沟、金口大峡谷都有独特的旅游景观。
6、岷江
岷江总落差3560米，岷江各支流流域面积大于500平方公里的支流30条，流域面积大于1000平方公里的支流10条。岷江是成都平原的最重要的水资源，历史上岷江以都江堰为代表的灌溉工程造就了四川成都平原天府之国。中华人民共和国成立后，其干支流上还建设了诸多水利工程，特别是水电工程，给流域经济社会发展提供了巨大动力。
