法律分析：交通事故保险公司垫付的一万,最后理赔结算要扣除的。
法律依据：《最高人民法院关于审理道路交通事故损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》 第十六条 同时投保机动车第三者责任强制保险和第三者责任商业保险的机动车发生交通事故造成损害，当事人同时起诉侵权人和保险公司的，人民法院应当按照下列规则确定赔偿责任:(一)先由承保交强险的保险公司在责任限额范围内予以赔偿二)不足部分，由承保商业三者险的保险公司根据保险合同予以赔偿三)仍有不足的，依照道路交通安全法和侵权责任法的相关规定由侵权人予以赔偿。被侵权人或者其近亲属请求承保交强险的保险公司优先赔偿精神损害的，人民法院应予支持。