行政决策的咨询系统与中枢系统的关系是相对独立的。
1、分工与专业性
行政决策的咨询系统通常由专业的咨询机构或专业团队负责，他们具有专业的知识和技能，能够提供独立的、客观的决策咨询。而中枢系统则是政府或组织内部的核心决策机构，负责制定政策和指导各项工作。由于行政决策的咨询需要更加专业和客观，所以相对独立的咨询系统可以提供更为中立和专业的意见和建议。
2、决策的多样性
中枢系统需要处理众多的决策事项，包括政策制定、资源分配、规划等各个方面。而行政决策的咨询系统则专注于提供决策咨询和支持。相对独立的咨询系统可以更加专注和深入地分析问题，提供更具体和针对性的决策建议。中枢系统可以根据咨询系统提供的建议进行综合考虑和决策。
3、信息的中立性
行政决策的咨询系统需要收集、整理和分析大量的数据和信息，以提供决策依据。相对独立的咨询系统可以更加客观和中立地进行数据分析和信息处理，减少了信息的偏向性和主观性。这样可以提高决策的科学性和准确性。
行政决策的主要阶段
1、情报活动阶段
这是行政决策活动的第一个阶段，他构成决策的前提。目标的确定包括两个方面：一是通过对整体环境的探查、研究，找出制定决策的理由；二是在探查出所积累材料的基础上，分析和辨明决策的条件，进而确立决策目标。对问题的准确、完整的陈述和抽象，是决策目标正确的前提。
2、设计活动阶段
这一阶段的基本任务可以表述为：列出别选方案；确定备选方案的执行后果；对备选方案可能的后果进行对比性评价。这种设计活动是基于人类的创造性思维，按照综合、整体、效用、动态的原则，选择最优或者是次优的过程。
3、抉择活动阶段
在备选方案拟定之后，就进入选定行政方案的关键阶段，因为它直接关系到行动方向以及达到什么目标的问题。方案的价值标准一般是方案实施后的作用、效果、利益等。满意决策方案一共有五项要求，然而在实际中，任何决策方案，至多只能达到可以得到满意的有限目标。
4、决策过程反馈
这是指在整个决策过程的确定目标、拟定方案和选择方案的不同阶段中，不断地通过信息反馈，对过去的抉择进行实践性评价和检验，尤其是对最后的抉择进行实践性评价和检验，验证决策的正确与否及其程度，及时修正决策方向或弥补决策遗漏，从而避免重大决策失误。