消化科是一个拥有医护人员22名（其中高级职称3名、主治医师3名）。拥有床位38张，并设有内窥镜室。本病区是集医疗、教学、科研于一体的临床科室。每年接受病儿1000余例，包括各种消化道疾病。擅长各种消化道疾病和消化道急诊（如消化道出血、消化道异物）的诊治工作。开展胃镜检查项目以来，进行胃镜检查和通过胃镜的治疗病例已达600余患儿。同时每年接受20余名进修医师的临床教学和医学生的大课、临床见习的教学任务。在工作中同时也重视临床科研工作。及时对多种疾病进行临床总结和探究。通过对“腹泻病患儿血清β-乳球蛋白IgG测定的临床意义”的探讨，发现食饵性腹泻患儿血清中β-乳球蛋白IgG的阳性率较高，提示了其腹泻原因与牛奶蛋白过敏有关。通过对“十二指肠溃疡、慢性胃炎患儿胃窦部炎症程度和IL-8表达的关系与分析”的探讨，发现十二指肠溃疡或炎症患儿中，IL-8的表达能比较确切地反映胃粘膜的病变程度。炎症因子在HP引起的胃炎和十二指肠溃疡或炎症之间起着重要作用。
2003年4月本科室成功地进行了中国首例婴儿经皮内窥镜胃造瘘术。 该科室的宗旨是：急病人所急，忧病人所忧。尽力为血液病患儿创造一个灿烂的明天。拥有床位18张，并设有层流病室。
主要收治儿童急性白血病、儿童肿瘤、各种原因引起的贫血和溶血、血小板性疾病以及出血性疾病等。平均每年收治来自全国各地血液病患儿数百例。在治疗急性淋巴细胞白血病的完全缓解率达95%以上，治愈率70%，并成功地进行了自体外周造血干细胞的移植。该科与温州市血液研究所等多中心协作，使儿童白血病诊断和治疗走向分子水平。
学科带头人蒋慧教授、主任医师，现任中华医学会温州分会儿科学组委员兼秘书;温州儿科血液学组委员兼秘书。近几年来，科室共发表儿童急性白血病生存质量分析等专业论著和论文共18篇。曾荣获卫生部科学进步三等奖和温州市科学进步二等奖；卫生局“文明班组”光荣称号。 新生儿病区成立于二十世纪60年代，是全市最早成立的一个新生儿病区，因此对新生儿疾病的诊治有丰富的临床经验。
整个病区分为重症监护抢救室、早产儿室、隔离室和普通室。新生儿科有一批高素质的医护人员，有全国负 患者有盛名新生儿专家如杜洪蓉主任，还有许多新生儿专科的主任医师、付主任医师和主治医师，以及有丰富经验的主管护师和护师等。
在新生儿病区每天给予病儿无微不至的关怀，除了常规的医疗业务外，还每天给以沐浴，医务人员昼夜巡视和观察病情。
新生儿病区是一个独立的科室，由于新生儿的特点，病区执行严格的消毒隔离，配有专门的消毒隔离衣和进病区后换鞋等措施和制度。
新生儿病区主要收治有外院转来的一些患儿如新生儿围产期窒息，缺氧缺血性脑病，新生儿颅内出血等,还收治一些少见的代谢性疾病，对早期先天性畸形，特别是消化道畸形的诊断有丰富的临床经验。同时还收治一些常见疾病如新生儿黄疸，高胆红素血症，新生儿肺炎、新生儿腹泻病等。
除了常见的疾病有丰富的诊治经验外，对早产儿的诊治亦有丰富的临床经验。新生儿、特别是早产儿的病死率逐年下降。
二十一世纪来临，提出“母亲健康、儿童优先”，儿童是祖国的未来，而新生婴儿是儿童中呵护的重点，为了婴儿的健康，要立足于爱护婴幼儿，保护婴幼儿，使新生婴儿健康成长。 该院在2005年与温州儿童医学中心合作，在原胸心外科的基础上成立温州市小儿心血管病临床医学中心温州儿童医院分中心。温州市小儿心血管病临床医学中心是温州市卫生局首批入选的临床医学中心之一，该科是中国较早（1974年）建立的小儿心血管专业学科，至今已为18000余例各类先心病儿进行心脏畸形纠治术，手术总成功率达97%。成为国内具有领先水平的小儿先心病诊疗中心。
中心具有教授（主任医师）、副教授（副主任医师）19名，70%以上医师获有博士、硕士学位。其中温州劳动模范3名，十佳医生2名、全国五一劳动奖1名。 中心具备内科诊断，外科手术，体外循环，麻醉及术后监护配套专家，全方位为先心病儿服务。
中心开展儿童各种单纯与复杂先心病的手术治疗，尤其在婴幼儿重危先心病手术方面有突破性进展。其中完全性大动脉错位的大动脉转位术等，在国内取得领先地位；新生儿和小于6个月的婴儿的手术成功率达到或接近国际先进水平，手术最小年龄为出生11小时的新生儿；在国内首先开展先心病的急诊手术，建立了以病人为中心的24小时全天候的绿色通道服务，使危重先心病人得到及时诊治，提高了危重婴幼儿生存率。学科在攻克低年龄和复杂疑难先心病方面具有优势和特色，为中国小儿先心病的研究和临床诊治工作赶上国际先进水平作出贡献。 温州儿童医院呼吸科是温州市儿科成立较早，拥有固定呼吸科病区，比较完善的小儿呼吸内科，病区住院床位40张。设专家门诊，哮喘门诊。配备有肺功能室，纤维支气管镜室，血气分析，呼吸血氧检测以及高分辨螺旋CT。开展多种呼吸道病原检测，过敏原检测和纤维支气管镜检查，对于儿童呼吸道疑难病例的诊断和治疗水平有了进一步提高。具有很强临床的综合实力，有一支比较完整的老中青结合的医疗队伍，每年接受来自全国各地的大量疑难重症呼吸病患者，并接受温州及周边地区医院的呼吸疑难危重病人的转诊和会诊。
在学科负责人全国知名的儿科呼吸病专家陆权教授指导下，开展多种临床实践和研究，在儿童呼吸道疾病的预防和治疗方面积累了大量经验，在儿童呼吸道病原菌检测，细菌耐药性的检测等方面处于国内领先水平。该科历来是该院的教学病房，仍是复旦大学华山临床医学院、温州第二医科大学新华临床医学院的教学基地，2003年又成为交通大学医学院教学基地。 小儿肾内科于20世纪60年代由何威逊教授创建。经过数十年发展，拥有多名国内外知名专家和教授，有肾穿刺室、腹膜透析室和肾脏病实验室。
肾内科于80年代初率先在国内开展小儿肾穿刺活检术。至今已成功进行了2500余例，非麻醉下婴儿肾穿刺处于国内领先。血液透析、腹膜透析和血液滤过技术处于国内先进。
肾内科至今发表论文100余篇，多次获得优秀论文奖。何威逊教授曾获卫生部科技进步三等奖。
肾内科擅长各种肾小球疾病、肾小管疾病、急慢性肾功能衰竭的诊断和治疗。
