两者包含关系不同：耕地包含基本农田。基本农田只是耕地的其中一部分，而且主要是高产优质的那部分耕地，并不是所有的耕地都是基本农田。一般而言，只有那些划入基本农田保护区内的耕地，才视为基本农田。基本农田是指根据一定时期人口和国民经济对农产品的需求以及对建设用地的预测而确定的长期不得占用的和基本农田保护区规划期内不得占用的耕地。
一、耕地保有量面临的四大矛盾
1、尽管全国耕地总量基本稳定，但个别省份补充耕地困难不容忽视。粮食实现“九连增”，折射出耕地保护的支撑力度。数据显示，2009、2010、2011年连续三年全国耕地面积保持在18．24亿亩以上，2011年度耕地净减少49．0万亩，耕地净减少的势头得到了控制，国家“十二五”期末18．18亿亩耕地保有量目标有望落实。但与此同时要看到，东部沿海、辖区面积较小的直辖市和个别省份，耕地后备资源已近枯竭，落实耕地占补平衡困难，个别省市出现了难以足额落实耕地占补平衡的情况。
2、尽管建设用地保障有力，但我国用地供需矛盾依然突出。从2011年度土地变更调查数据可以看出，在配合国家宏观调控、建设用地保障方面，国土资源系统上下作了大量努力，有力保障了稳增长、调结构、惠民生必要的用地需求。2011年度全国共安排各类新增建设用地计划指标830万亩，并安排城乡建设用地增减挂钩试点指标90万亩，专项用于优化用地结构，促进城乡统筹发展和新农村建设。2011年度各项用地审批控制在计划指标规模之内，但2011年作为“十二五”规划实施的启动之年，同时为积极应对金融危机，各地普遍加大了投资和建设的力度，相应扩大了用地需求，供需矛盾依然突出。
3、尽管批而未用土地清理效果明显，但我国土地利用仍有挖潜空间。2011年度各地积极采取措施，清理批而未用土地，取得明显效果。变更调查显示，往年批而未用的建设用地于2011年度开工建设的面积达到193．9万亩，比上年度增加102．2万亩。与此同时，实施鼓励开发利用低丘缓坡及荒滩等未利用地的政策也取得成效，全年建设使用未利用地190．9万亩，有效减缓了建设占用耕地的压力。但数据还显示，2011年度新批尚未建设的土地184．6万亩，占批准的新增建设用地比重为22．1%，表明批而未用的土地仍有较大挖潜空间。
4、尽管我国规范用地水平不断提高，但村镇用地未批先建情况，折射出深层次体制改革问题再也不能回避。变更调查显示，2011年度未批先建面积172．5万亩，数量较上年下降30．3万亩，占新增建设用地的比例由上一年度的19．0%下降到17．1%。但随着城市和重点工程违法用地数量的下降，村镇建设用地未批先建问题凸显。调查显示，2011年度未批先建面积中，村庄、建制镇部分仍达92．1万亩，比重由上一年度的42．6%上升到53．4%。必须正视的现实是，在我国农村常驻人口持续减少同时，农村人均建设用地面积持续扩张，这表明我国城乡二元化格局特别是“只要农村的地，不管农村的人”城镇化模式，确实已经到了难以为继的地步。
二、基本农田保护包括哪些
1、基本农田以规划制度确立保护区。
2、基本农田以乡镇为单位划定。
3、基本农田数量不得减少。
三、基本农田内容包括什么
1、所谓基本农田是指按照一定时期人口和社会经济发展对农产品的需求，依据土地利用总体规划确定的不得占用的耕地。
2、基本农田由两部分组成：由长期不得占用的耕地和规划期内不得占用的耕地组成。
3、所谓长期不得占用的耕地，就是老百姓称之为“吃饭田”、“保命田”、“永久性耕地”的那部分。
4、所谓规划期内不得占用的耕地，是指土地利用总体规划和基本农田保护区规划中规划为在一个阶段内必须保持相对稳定的耕地。
5、基本农田是耕地中的一部分，而且主要是高产优质的那一部分耕地，因此并不是所有的耕地都是基本农田。一般来说，划入基本农田保护区的耕地都是基本农田。
法律依据：
《基本农田保护条例》
第二条 国家实行基本农田保护制度。条例所称基本农田，是指按照一定时期人口和社会经济发展对农产品的需求，依据土地利用总体规划确定的不得占用的耕地。本条例所称基本农田保护区，是指为对基本农田实行特殊保护而依据土地利用总体规划和依照法定程序确定的特定保护区域。
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