专项附加扣除办理申报流程包括两种途径，分别是由单位办理申报和个人自行申报。
1、由单位按月发工资预扣税款时办理。除大病医疗以外，对其他五项扣除，可以选择在单位发放工资薪金时，按月享受专项附加扣除政策。自行在年度综合所得汇算清缴申报时办理。
2、自行在年度综合所得汇算清缴申报时办理。
《个人所得税法》第十一条
居民个人取得综合所得，按年计算个人所得税；有扣缴义务人的，由扣缴义务人按月或者按次预扣预缴税款；需要办理汇算清缴的，应当在取得所得的次年三月一日至六月三十日内办理汇算清缴。预扣预缴办法由国务院税务主管部门制定。居民个人向扣缴义务人提供专项附加扣除信息的，扣缴义务人按月预扣预缴税款时应当按照规定予以扣除，不得拒绝。非居民个人取得工资、薪金所得，劳务报酬所得，稿酬所得和特许权使用费所得，有扣缴义务人的，由扣缴义务人按月或者按次代扣代缴税款，不办理汇算清缴。