中华人民共和国成立后，庄晚芳曾先后在复旦大学农学院、安徽农学院、华中农学院和浙江农业大学从事茶学教育。经他培养的本科生、专科生、研究生，以及前苏联和越南留学生约有2000余人。他的学生遍布全国各地，不少人已成为茶学专业的高级技术人才。1965年，他首次培养茶学研究生，成为我国茶学研究生教育的开端。
庄晚芳知识渊博，曾讲授过《茶作学》、《茶叶概论》、《茶树栽培学》、《茶叶加工学》、《茶叶经济》、《茶叶贸易学》、《茶叶审评》、《茶树生理》等课程。在教学中，他坚持理论联系实际，既重视课堂教学，又亲自带学生到茶区调查研究，参加栽茶、制茶等实践活动。他坚持教学内容和教学方法的改革，不断更新教材，采取启发式教学。他对学生要求严格，并言传身教。有一次，他带学生到安徽祁门和福建武夷山实习，亲手挖掘茶树根系，制作标本，使学生深受教育。
在教学中，庄晚芳还十分重视教材建设。1961年、1979年和1988年曾3次受农业部委托，主编全国高等农业院校统编教材《茶树栽培学》。每次编写，从提纲拟定，内容取舍，初稿讨论直到最后定稿，他都严格把关，从而提高了教材质量，受到高等农业院校茶学专业师生们的赞扬。
半个多世纪以来，庄晚芳学术论著数量多，内容广，针对性强，有独特见解，在国内外都有较大影响。他编著的《茶作学》，早在1959年就被译为俄文，在苏联出版。他撰写的《中国的茶叶》及主编的《中国名茶》和《饮茶漫谈》均被译为日文，在国外发行。1978～1979年，他撰写的《一日千里的祖国茶业》及《龙井茶香忆总理》在香港《大公报》上连载后，引起港、澳、台同胞和海外侨胞以及国际友人的强烈反响和高度评价。
庄晚芳不仅重视教学和科学研究，而且还重视科学普及工作。即使在“文化大革命”逆境中，他依然克服困难，主编了《合理采茶》等4本科普小册子。1979年，他在《中国茶叶》上撰文，大声疾呼，要求广大茶叶工作者“都来关心茶叶科技的普及工作”。1983年夏，当时庄晚芳已是75岁高龄，但仍风尘仆仆地与同事们一道，奔赴淳安山区考察，现场指导，并为该县新创制的名茶挥毫题词，定名为“千岛玉叶”、“清溪玉芽”和“鸠坑毛尖”，促进了当地名茶生产的发展。1984～1988年，他还多次到厦门、泉州和桂林等地讲学，亲自编写讲义，普及茶叶科学知识，深受当地群众欢迎。
