是的，这种情况会被认定为二套。
有以下情形之一的，按照首套房贷政策执行：经多方查询（比如征信报告上无未结清贷款记录、面谈查证无房、在房产交易管理中心查询无房等等），证实借款人名下无房的，算首套；名下有一套房，但无未结清的贷款的，为改善居住条件，再贷款买房的，算首套。
有以下情形之一的，按二套房贷政策执行：名下有一套房，且尚未结清商业贷款的，再使用公积金贷款买房，按二套房贷政策执行；名下无房，但个人征信报告上显示的有尚未结清的商业房贷，再使用公积金贷款买房，按二套房贷政策执行。
有以下情形之一的，不能申请公积金贷款：名下有尚未结清的公积金贷款，不能再申请公积金贷款买房；购买第三套及以上住房的，不能申请公积金贷款。
二套房可以用公积金贷款，但如果首套公积金贷款未还清则不批，如首套公积金贷款已还清可以继续申请公积金贷款但首付按二套房算。首套房是商业贷款，不管是否还清都不影响公积金贷款买二房，但首付按二房算。
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