经云南省高级人民法院再审，认定孙小果犯强奸罪，强制猥亵、侮辱妇女罪，故意伤害罪，寻衅滋事罪，组织、领导、参加黑社会性质组织罪，数罪并罚，判处死刑。
关于强奸罪，1997年4月至6月他当众以暴力和胁迫手段强奸四名未成年少女。被告人孙小果为与被害人宋某、张某某、菠某某发生关系，采取暴力等手段，违背被害人意愿强行发生关系，构成强奸罪。孙小果欲与被害人张某（发生关系时为幼女）发生关系，由于意志以外的原因未得逞，构成强奸罪未遂。
关于强制猥亵、侮辱妇女罪与故意伤害罪，1997年11月7日，孙小果纠集多人在公共场所挟持两名17岁少女，进行暴力伤害和凌辱摧残，致使一名被害人重伤。
关于寻衅滋事，1997年7月，被告人孙小果的同伙在与被害人邝某某、王某等人发生纠纷，孙小果及同案被告人等人驾车追赶并殴打被害人，致二人轻伤偏重。1997年10月，被告人孙小果及同案被告人因被害人杨某3不听从孙小果招呼，孙小果等人即对被害人实施砸打。孙小果伙同他人在公共场所追逐、拦截、殴打他人，情节恶劣，严重破坏社会秩序，其行为构成寻衅滋事罪。
1994年，孙小果因强奸罪被昆明市盘龙区人民法院判处有期徒刑三年，上诉后被二审法院驳回上诉。在案件办理期间，被告人孙小果父母通过伪造病历的方式帮助孙小果取保候审、保外就医。1998年2月，孙小果因强奸罪、强制侮辱妇女罪、故意伤害罪等多项罪名被昆明市中级人民法院一审判处死刑，立即执行。又在其母亲孙鹤予和继父李桥忠所编织的关系网的帮助下，孙小果在1999年二审被云南省高级人民法院改判为死缓，2007年案件再审改判为有期徒刑20年，服刑期间通过多次违规减刑实际服刑12年零5个月被释放出狱。
2010年起，孙小果以“李林宸”之名在狱外活动，又网罗刑满释放和社会闲散人员，有组织地实施犯罪活动，称霸一方，残害百姓，犯下组织、领导黑社会性质组织、开设赌场、行贿等七种罪行。
云南省高级人民法院再审认为，孙小果犯罪手段极其残忍，犯罪情节极其恶劣，社会危害程度极其严重，主观恶性极深，人身危险性极大，属于罪大恶极且不堪改造的犯罪分子，依法应当予以严惩。
法律依据：
依照1979年《中华人民共和国刑法》第一百三十九条第二款、第三款，第二十条第一款，第四十三条，第五十三条第一款及1997年修订的《中华人民共和国刑法》第十二条，第二百三十四条第二款，第二百三十七条第二款，第二百九十三条第
（一）、
（二）项，第二十五条第一款，第二十六条第一款、第四款，第六十九条，第七十一条及《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百五十六条第一款和《最高人民法院关于适用的解释》第三百八十九条第一款第
（二）、
（三）项之规定认定孙小果犯强奸罪，判处死刑，剥夺政治权利终身；犯强制侮辱妇女罪，判处有期徒刑十五年；犯故意伤害罪，判处有期徒刑七年；犯寻衅滋事罪，判处有期徒刑三年，与原犯强奸罪未执行刑期二年四个月又十二天，数罪并罚，决定执行死刑，剥夺政治权利终身。
2020年2月20日，云南省昆明市中级人民法院对罪犯孙小果执行死刑。
法律依据：
《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百五十六条 人民法院按照审判监督程序重新审判的案件，由原审人民法院审理的，应当另行组成合议庭进行。如果原来是第一审案件，应当依照第一审程序进行审判，所作的判决、裁定，可以上诉、抗诉；如果原来是第二审案件，或者是上级人民法院提审的案件，应当依照第二审程序进行审判，所作的判决、裁定，是终审的判决、裁定。
人民法院开庭审理的再审案件，同级人民检察院应当派员出席法庭。
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