二者各有各的特点，要根据自己的志向选择，评价好与不好和个人的角度与观点不同，下面介绍一下二者的主要区别：
一、学校历史不同
1、哈工大威海
哈工大（威海）是哈工大一校三区办学格局的重要组成部分。1985 年，经原航天工业部批准，哈尔滨工业大学威海分校成立，2002年正式更名为哈尔滨工业大学（威海），即哈工大威海校区。2010 年，工业和信息化部、山东省和威海市人民政府签署共建哈工大（威海）协议。
2、南京航空航天大学
学校前身是1952年10月以511厂为基础创建的南京航空工业专科学校，1981年，经国务院批准成为全国首批具有博士学位授予权的高校，2012年12月，工业和信息化部、中国民用航空局签署协议共建南京航空航天大学。2018年12月，工业和信息化部、教育部、江苏省共建南京航空航天大学。
二、学校规模不同
1、哈工大威海
截止2020年，校园占地面积1860余亩，有全日制在校本科生、硕士和博士研究生11000 多人，设有11个院（系）和2个教学部。
2、南京航空航天大学
截止2020年，学校有明故宫和将军路两个校区，占地面积2077亩，建筑面积114.8万平方米，设有16个学院，有教职工3131人，全日制在校生29000余人。
三、院系设置不同
1、哈工大威海
汽车、船舶、海洋、计算机、材料学院等。
2、南京航空航天大学
航空宇航学院、能源与动力学院、自动化学院、电子信息工程学院、机电学院、材料学院等。
四、学校特色不同
1、哈工大威海
C9联盟、985工程（1999年入选）、211工程（1995年入选）、2011计划（2013年入选）
111计划（2006年入选）。
2、南京航空航天大学
全国重点大学（1978年入选）、省部共建大学、中俄交通大学联盟、世界一流学科建设高校（2017年入选）、211工程（1997年入选）。
五、主要奖项不同
1、哈工大威海
国家科学技术进步奖一等奖2项 、国防科学技术进步奖二等奖2项、国家科学技术进步奖二等奖1项
国家技术发明奖二等奖1项。
2、南京航空航天大学
全国毕业生就业典型经验高校（2012年）、2018年度全国创新创业典型经验高校、全国深化创新创业教育改革示范高校。
参考资料来源：百度百科-哈工大威海
参考资料来源：百度百科-南京航空航天大学
哈工大最主要的专业，主要是比较强势的专业都在本校区，在威海校区的专业就实力上来说是不如南航的强势专业的。不过如果是奔大学名头的话，这就要看自己定夺了。