办公室负责机关政务工作;负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作;承担信访、议案、建议、提案、保密、政府信息公开等工作;负责重要事项的组织和督查工作;联络特约审计员;负责审计网站的使用及日常维护。
行财处负责编制部门预决算;负责机关及直属单位的财务、固定资产、房管、房改管理工作。
综合处拟订本市审计工作规划和年度计划;拟订和下达全市性、重点审计项目的审计方案;监督审计计划、方案的落实和执行;牵头起草审计结果报告、审计工作报告及审计发现问题的纠正和处理结果报告;编报全市审计业务统计报表；负责审计业务数据库的使用、修改、更新和完善。
研究室负责起草审计工作情况报告等综合性文稿及全市审计工作会议等重要会议文件；负责组织开展对审计工作政策、规划及与审计工作密切相关的重大问题进行调研；负责审计信息编辑、整理、报送等工作；根据市委、市政府研究室的要求，负责重点课题研究的立项、组织实施等工作。
法制处负责机关推进依法行政综合工作;承担有关地方性法规草案、政府规章草案的起草工作;拟订审计规范和指南;负责行政执法工作的监督、指导和协调;承担行政复议、应诉的有关工作;承担机关行政规范性文件的合法性审核和有关备案工作。
人事处负责全局机构编制、人事管理、外事管理、安全保卫工作；负责制定全局干部职工教育培训计划；按分工承担本市审计专业技术职称考评有关工作;承办协管区县审计机关负责人的有关事项。
内部审计指导处负责组织起草内部审计方面的地方性法规草案、政府规章草案；对属于市审计机关审计监督对象的单位的内部审计工作进行业务指导和监督；组织开展内部审计人员培训工作。
机关党委负责机关及所属单位的党群工作。
机关工会负责机关及所属单位的工会工作。
离退休干部处负责机关及所属单位离退休人员的管理与服务工作。
监察处（派驻）负责本机关纪检、监察工作。
审计项目复核处组织开展审计事项复核，实施审计项目质量考核，核查社会审计机构对于依法属于审计监督对象的单位出具的相关审计报告。
经济责任审计办公室（分局）组织对本市局级领导干部及依法属于市审计局审计监督对象的其他单位主要负责人实施经济责任审计;根据年度审计计划安排，负责分管范围内领导干部的任期经济责任审计；承担市经济责任审计工作联席会议的有关工作；协调指导区县审计局相关审计工作；开展相关专项审计调查。
财政审计处（分局）组织审计市本级预算执行和其他财政收支情况;负责对市财政局、市地税局和国家金库北京市分库的财政预算执行情况和决算进行审计监督；协调指导区县审计局相关审计工作；开展相关专项审计调查。
行政事业审计处（分局）组织对所分管的与市财政直接发生预算缴款、拨款关系的市级国家机关、政党组织、社会团体及事业单位进行审计监督;负责对所分管的市属行政机关和事业单位的预算执行、决算和其他财政财务收支情况进行审计监督；协调指导区县审计局相关审计工作；开展相关专项审计调查。
农业与资源环保审计处（分局）组织对政府主管部门管理的和受政府委托由社会团体管理的农林水利、资源环保资金的筹集、管理、使用情况进行审计监督；负责审计分管部门预算执行、决算及其他财政财务收支；协调和指导区县审计局相关审计工作；开展相关专项审计调查。
固定资产投资审计一处（分局）组织对市政府投资和以市政府投资为主的建设项目的审计监督；负责审计分管部门的预算执行、决算及其他财政财务收支;协调指导区县审计局相关审计工作；开展相关专项审计调查。
固定资产投资审计二处（分局）组织对投资主体多元化建设工程的审计监督;负责审计分管部门的预算执行、决算及其他财政财务收支；协调指导区县审计局相关审计工作；开展相关专项审计调查。
经贸审计处（分局）组织对国有企业和国有资产占控股地位的企业进行审计监督；负责审计分管部门预算执行、决算及其他财政财务收支，审计市属国有企业集团财务收支；协调指导区县审计局相关审计工作；开展相关专项审计调查。
社会保障审计处（分局）组织对市政府主管部门、区县政府管理和其他单位受市政府及其部门委托管理的社会保障基金、社会捐赠资金和其他有关基金、资金进行审计监督;负责审计分管部门预算执行、决算及其他财政财务收支；协调指导区县审计局相关审计工作；开展相关专项审计调查。
金融审计处组织审计市属国有金融机构和国务院规定的市级国有资本占控股或主导地位金融机构的财务收支；根据审计署授权，组织审计国际组织和外国政府援助、贷款项目的财务收支；组织开展相关专项审计调查；协调指导区县审计局相关审计工作；承办市审计局交办的其他工作。
第一派出局负责市经信委等部门及其所属单位的预算执行审计；承办市审计局交办的其他审计事项。
第二派出局负责市教委等部门及其所属单位的预算执行审计；承办市审计局交办的其他审计事项。
第三派出局负责市公安局等部门及其所属单位的预算执行审计；承办市审计局交办的其他审计事项。
第四派出局负责市民政局等部门及其所属单位的预算执行审计；承办市审计局交办的其他审计事项。
第五派出局负责市农委等部门及其所属单位的预算执行审计；承办市审计局交办的其他审计事项。
第六派出局负责市园林绿化局等部门及其所属单位的预算执行审计；承办市审计局交办的其他审计事项。
第七派出局负责市交通委等部门及其所属单位的预算执行审计；承办市审计局交办的其他审计事项。
第八派出局负责市文化局等部门及其所属单位的预算执行审计；承办市审计局交办的其他审计事项。
宣传教育中心负责承担本市审计宣传的辅助性、事务性工作；承担全市审计机关审计干部教育培训的具体实施工作；承担中国审计报记者站工作；承担审计科学成果推广利用工作；承担《北京审计》杂志内部刊物的编辑、出版工作；承担北京审计学会秘书处管理工作。
审计项目绩效考评中心承担本局已完成的审计项目的目标、执行过程、产生的社会效应和影响的绩效考评工作，为提高审计项目的决策和管理水平提供对策建议。
计算机中心负责全局信息化建设的规划、管理、组织、协调工作；全局计算机网络建设与管理工作；审计数据库建立与辅助审计软件的开发、推广、应用工作；计算机网络及其他计算机软硬件技术咨询、维护与服务工作。
审计干部培训中心为审计干部提供各种业务培训服务，承担各种专业会议服务。
机关服务中心对本局所属房产改建、扩建及维护管理，为机关干部职工办公提供工作用餐、公务用车等后勤服务保障工作。